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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001229

染色体: Chr03 坐标: 14169417-14173721 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001229
名称SmilChr03G001229
描述putative disease resistance protein At1g50180
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向14169417 - 14173721 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017745
GeneID131017745
locus_tag-
NCBI NameLOC131017745
原始查询SmilChr03G001229

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative disease resistance protein At1g50180
产物putative disease resistance protein At1g50180
ArabidopsisAT1G58390 (AT1G58390)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842208]
identity=31.4; qcov=1.03; evalue=6.14e-117; confidence=low
RiceOs07g0186500
-
identity=27.4; qcov=1.03; evalue=5.58e-69; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF13191 (AAA_16); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017745

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802446.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802446.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802446.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802446.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802446.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:14169633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr3:14169644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C6
Chr3:14169666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B105,B40
Chr3:14169668 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B102
Chr3:14169668 T TG 1bp_insertion CDS_variant 1 B102
Chr3:14169699 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 A21
Chr3:14169699 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 A21
Chr3:14169709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C28
Chr3:14169711 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C28
Chr3:14169711 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C28
Chr3:14169715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr3:14169740 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802446.1
934 aa
N
1
467
934
Rx_N
AAA_16
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-87 aa PF13191 AAA_16 164-283 aa PF00931 NB-ARC 169-343 aa PF23559 WHD_DRP 430-507 aa PF23598 LRR_14 570-898 aa
XP_057802447.1
934 aa
N
1
467
934
Rx_N
AAA_16
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-87 aa PF13191 AAA_16 164-283 aa PF00931 NB-ARC 169-343 aa PF23559 WHD_DRP 430-507 aa PF23598 LRR_14 570-898 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802446.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 87 8.5e-18 65.0 Rx N-terminal domain
XP_057802446.1 Pfam PF13191 AAA_16 Domain 164 283 5.8e-09 37.4 AAA ATPase domain
XP_057802446.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 169 343 5.9e-32 111.3 NB-ARC domain
XP_057802446.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 430 507 2.4e-11 44.2 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057802446.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 570 898 1.8e-23 83.6 Leucine-rich repeat region
XP_057802447.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 87 8.5e-18 65.0 Rx N-terminal domain
XP_057802447.1 Pfam PF13191 AAA_16 Domain 164 283 5.8e-09 37.4 AAA ATPase domain
XP_057802447.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 169 343 5.9e-32 111.3 NB-ARC domain
XP_057802447.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 430 507 2.4e-11 44.2 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057802447.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 570 898 1.8e-23 83.6 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946464.1
CAAAACAAGTGGAATTCATAAAGATAATGTGCTTTTCCCACGATGGATAGTCTAGTCTCTGTTCCAGAATCCAAATCCTTCGCAATCTCGATCGAAGAATTCGTATTCACAACAACAAGCTCTTTATCCTTCTTCATCCATATACACTCTTACCAGTAGTAAATCAATTTGACCGAAGAAATTTGAGTTTGGAATTGTTGCAATGGCAGAAGCAGTGGTGTCAATTGCTCTAGAAACCTTGCGCGATTTGTTATTAGAAG...
XM_057946463.1
CAAAACAAGTGGAATTCATAAAGATAATGTGCTTTTCCCACGATGGATAGTCTAGTCTCTGTTCCAGAATCCAAATCCTTCGCAATCTCGATCGAAGAATTCGTATTCACAACAACAAGCTCTTTATCCTTCTTCATCCATATACACTCTTACCAGTAGTAAATCAATTTGACCGAAGAAATTTGAGTTTGGAATTGTTGCAATGGCAGAAGCAGTGGTGTCAATTGCTCTAGAAACCTTGCGCGATTTGTTATTAGAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131017745
ATGGCAGAAGCAGTGGTGTCAATTGCTCTAGAAACCTTGCGCGATTTGTTATTAGAAGAAGGAAGGTTTTTATCCGGTGTGGGCGATGAAGTGAAGGAGCTCGAGTGGCAGCTCAAAGAGATGAAGTGTCTCCTCGAAGATGCTGACAGAAGGCGACATGAGAGCAGAACCATTTTCAATTGGATCTCAGAGATCAGAGATCTTGTCTACAGAGCGGAAGCGGCCATTGAAAGACACGCAGCTTATGAATCGTTGTCAAG...
LOC131017745
ATGGCAGAAGCAGTGGTGTCAATTGCTCTAGAAACCTTGCGCGATTTGTTATTAGAAGAAGGAAGGTTTTTATCCGGTGTGGGCGATGAAGTGAAGGAGCTCGAGTGGCAGCTCAAAGAGATGAAGTGTCTCCTCGAAGATGCTGACAGAAGGCGACATGAGAGCAGAACCATTTTCAATTGGATCTCAGAGATCAGAGATCTTGTCTACAGAGCGGAAGCGGCCATTGAAAGACACGCAGCTTATGAATCGTTGTCAAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057802446.1
MAEAVVSIALETLRDLLLEEGRFLSGVGDEVKELEWQLKEMKCLLEDADRRRHESRTIFNWISEIRDLVYRAEAAIERHAAYESLSRRRRGLRKLVRRCSCSLERYNSLYQLGSEISPIKSRLERINKEMIENGIKKSIINNPDGGANNGRRKTFPDYEVGDCFVGMADELNRLRNLLSQDKEDRVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNETSFDLSAWVCITQQCQSFQSVWEDVLKQLEHQSRKGVSDGPQIREDVVQSLSD...
XP_057802447.1
MAEAVVSIALETLRDLLLEEGRFLSGVGDEVKELEWQLKEMKCLLEDADRRRHESRTIFNWISEIRDLVYRAEAAIERHAAYESLSRRRRGLRKLVRRCSCSLERYNSLYQLGSEISPIKSRLERINKEMIENGIKKSIINNPDGGANNGRRKTFPDYEVGDCFVGMADELNRLRNLLSQDKEDRVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNETSFDLSAWVCITQQCQSFQSVWEDVLKQLEHQSRKGVSDGPQIREDVVQSLSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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