Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001232

染色体: Chr03 坐标: 14245787-14247148 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001232
名称SmilChr03G001232
描述uncharacterized SmilChr03G001232
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向14245787 - 14247148 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018414
GeneID131018414
locus_tag-
NCBI NameLOC131018414
原始查询SmilChr03G001232

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述TRIO/F-actin-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818283]; symbol=AT2G37070; hit=AT2G37070; species=arabidopsis; confidence=low
产物TRIO/F-actin-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818283]; symbol=AT2G37070; hit=AT2G37070; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G37070 (AT2G37070)
TRIO/F-actin-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818283]
identity=42.5; qcov=0.349; evalue=2.98e-07; confidence=low
RiceOs05g0121800
-
identity=29.2; qcov=0.656; evalue=8.95e-07; confidence=low
GOGO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018414

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057803121.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057803121.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803121.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803121.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803121.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:14246702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:14246708 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr3:14246974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr3:14247132 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B135,B35,C48
Chr3:14247132 C CTT 2bp_insertion CDS_variant 3 B135,B35,C48
Chr3:14247133 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 55 A16,A19,A20,A22,A4,A6,A8,B102,B107,B11,B111,B119,B122,B124,B133,B134,B136,B137,B26,B28,B3,B30,B32,B43,B44,B47,B61,B64,B82,B87,B9,B90,B92,B96,C12,C15,C20,C21,C24,C31,C4,C42,C44,C45,C47,C49,C59,C63,C69,C78,C8,C82,C86,D10,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947138.1
GCAAGTTTTGAATGGAATTTGGGCATAGTGGCGATGTGATGAAGAAGAGGTCAAGTTTTGGATTAAGTGTTGCTGATGAGAAGATTAAACTGATTGATATTCTGTCTGAAGATGATTACTTTCTTGTTGCTTGTGATCATTCTCTTCAATCCTCCGTCTCAGGAATTGAAAGAATGGAACAAAAAGAGCAGAATCTGTGTGTTCAAGAATCAAGAACAAGTTTTCTAAGAAGAAGCTTAGCATGGAACAGCGCCTTTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018414
ATGGAATTTGGGCATAGTGGCGATGTGATGAAGAAGAGGTCAAGTTTTGGATTAAGTGTTGCTGATGAGAAGATTAAACTGATTGATATTCTGTCTGAAGATGATTACTTTCTTGTTGCTTGTGATCATTCTCTTCAATCCTCCGTCTCAGGAATTGAAAGAATGGAACAAAAAGAGCAGAATCTGTGTGTTCAAGAATCAAGAACAAGTTTTCTAAGAAGAAGCTTAGCATGGAACAGCGCCTTTTTCAACAGTTCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803121.1
MEFGHSGDVMKKRSSFGLSVADEKIKLIDILSEDDYFLVACDHSLQSSVSGIERMEQKEQNLCVQESRTSFLRRSLAWNSAFFNSSGVLDPDELFFMNNGASETSLLPAAHEVRNRRSESESTKNNVSIFGDWFELQPSITESKSSKALNVVERSSKSRPKQIAQSSRICDRSCNSKVVIKSDRTSIGSIINVESEGKMKKEVKTFFFW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器