Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001256`

染色体: Chr03 坐标: 14483713-14484781 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001256`
名称	SmilChr03G001256
描述	uncharacterized SmilChr03G001256
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	14483713 - 14484781 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017766`
GeneID	`131017766`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017766`
原始查询	`SmilChr03G001256`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	beta-hexosaminidase (DUF1336) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837957]; symbol=AT1G13970; hit=AT1G13970; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	beta-hexosaminidase (DUF1336) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837957]; symbol=AT1G13970; hit=AT1G13970; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G13970` (AT1G13970) beta-hexosaminidase (DUF1336) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837957] identity=87.9; qcov=0.611; evalue=6.75e-37; confidence=medium
Rice	`Os03g0759000` - identity=81.8; qcov=0.611; evalue=7.5e-35; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07059 (EDR2_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017766

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057802469.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057802469.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057802469.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802469.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802469.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:14484053`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr3:14484062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	C2,C32,C68
`Chr3:14484062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr3:14484090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,C25,C65
`Chr3:14484091`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr3:14484161`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr3:14484716`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	21	A20,B11,B131,B18,B31,B35,B44,B54,B6,B69,B90,C4,C53,C57,C68,C70,C74,C75,C86,D1,D5
`Chr3:14484725`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	21	A20,B11,B131,B18,B31,B35,B44,B54,B6,B69,B90,C4,C53,C57,C68,C70,C74,C75,C86,D1,D5
`Chr3:14484738`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B11,B44,C74,C75
`Chr3:14484738`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B11,B44,C74,C75
`Chr3:14484742`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B11,B44,C74,C75
`Chr3:14484742`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B11,B44,C74,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802469.1

109 aa

109

EDR2_C

PF07059 EDR2_C 43-84 aa

XP_057802470.1

108 aa

108

EDR2_C

PF07059 EDR2_C 43-105 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802469.1`	Pfam	`PF07059`	EDR2_C	Domain	43	84	1.4e-10	42.1	Protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2, C-terminal
`XP_057802470.1`	Pfam	`PF07059`	EDR2_C	Domain	43	105	4.9e-24	86.1	Protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946487.1
ATATATATGAGCATGATGGAGGGCTTCGATTTTGAGGGTAATACGATGAAGGCCGAGCAAAGCAGCAGTTTCCCCATCTCCCTCTTGCTTAAAATCGGAGGGCGGTCACCCGACTGGAGGCCCGGGTCTTCTCAGGGACCCAATTATTTTGAAATTGATCTGGACATTCATCGCTTCAGTTACATAGCAAGAAAGGGACTCGAAGCATTCCGAGAGCGGCTAGCTACCGGAATATTGGATCTCGGCCTAACAATTCAGGC...

XM_057946486.1
ATATATATGAGCATGATGGAGGGCTTCGATTTTGAGGGTAATACGATGAAGGCCGAGCAAAGCAGCAGTTTCCCCATCTCCCTCTTGCTTAAAATCGGAGGGCGGTCACCCGACTGGAGGCCCGGGTCTTCTCAGGGACCCAATTATTTTGAAATTGATCTGGACATTCATCGCTTCAGTTACATAGCAAGAAAGGGACTCGAAGCATTCCGAGAGCGGCTAGCTACCGGAATATTGGATCTCGGCCTAACAATTCAGGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131017766
ATGAGCATGATGGAGGGCTTCGATTTTGAGGGTAATACGATGAAGGCCGAGCAAAGCAGCAGTTTCCCCATCTCCCTCTTGCTTAAAATCGGAGGGCGGTCACCCGACTGGAGGCCCGGGTCTTCTCAGGGACCCAATTATTTTGAAATTGATCTGGACATTCATCGCTTCAGTTACATAGCAAGAAAGGGACTCGAAGCATTCCGAGAGCGGCTAGCTACCGGAATATTGGATCTCGGCCTAACAATTCAGGCACAGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057802469.1
MSMMEGFDFEGNTMKAEQSSSFPISLLLKIGGRSPDWRPGSSQGPNYFEIDLDIHRFSYIARKGLEAFRERLATGILDLGLTIQVPENLLRATDAFLMNAAINTCEVSI

XP_057802470.1
MSMMEGFDFEGNTMKAEQSSSFPISLLLKIGGRSPDWRPGSSQGPNYFEIDLDIHRFSYIARKGLEAFRERLATGILDLGLTIQAQKPEELPEKVLCCVRLNKIDFVN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器