当前解析结果
SmilChr03G001284| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001284 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001284 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase 7 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 15017006 - 15019745 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131017788 |
|---|---|
| GeneID | 131017788 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017788 |
| 原始查询 | SmilChr03G001284 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase 7 |
| 产物 | GDSL esterase/lipase 7 |
| Arabidopsis | AT4G10950 (AT4G10950)SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826694] identity=67.9; qcov=0.884; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0290900 (OsGELP34)- identity=62.8; qcov=0.878; evalue=6.64e-170; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017788 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057802495.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057802495.1 |
| 3 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057802495.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057802495.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802495.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:15017768 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B111,B52,B65,C30,C5,C72 |
Chr3:15017847 |
ATC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C65 |
Chr3:15017847 |
ATC |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr3:15018159 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B139,B33 |
Chr3:15018195 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:15019011 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:15019038 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,B129,B2,C12,C37 |
Chr3:15019056 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:15019420 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802495.1PF00657
Lipase_GDSL 59-370 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802495.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 59 | 370 | 6.6e-28 | 99.0 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。