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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001297

染色体: Chr03 坐标: 15161753-15165725 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001297
名称SmilChr03G001297
描述uncharacterized SmilChr03G001297
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向15161753 - 15165725 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017801
GeneID131017801
locus_tag-
NCBI NameLOC131017801
原始查询SmilChr03G001297

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Pleckstrin homology (PH) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745723]; symbol=AT4G23895; hit=AT4G23895; species=arabidopsis; confidence=high
产物Pleckstrin homology (PH) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745723]; symbol=AT4G23895; hit=AT4G23895; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G23895 (AT4G23895)
Pleckstrin homology (PH) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745723]
identity=68; qcov=0.931; evalue=8.49e-87; confidence=high
RiceOs05g0595500
-
identity=60.7; qcov=0.894; evalue=3.12e-74; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00169 (PH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057802515.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057802515.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057802517.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057802515.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057802515.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:15162006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B20
Chr3:15162023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:15162068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr3:15162421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:15162445 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr3:15163343 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C49
Chr3:15163547 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B20
Chr3:15164502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B70,C56
Chr3:15164571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802515.1
243 aa
N
1
122
243
PH
C
PF00169 PH 145-227 aa
XP_057802516.1
243 aa
N
1
122
243
PH
C
PF00169 PH 145-227 aa
XP_057802517.1
188 aa
N
1
94
188
PH
C
PF00169 PH 90-172 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802515.1 Pfam PF00169 PH Domain 145 227 1.6e-05 26.1 PH domain
XP_057802516.1 Pfam PF00169 PH Domain 145 227 1.6e-05 26.1 PH domain
XP_057802517.1 Pfam PF00169 PH Domain 90 172 9.2e-06 26.8 PH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946532.1
GCTGAATAAAATAAGGGGTAAAAATGTCATCCCCACAAACCCACCAGCCACATCATCGATAATCATTGTCAACAGCTTTCCACAAACAAGAGAAGCAACTTTACCTTCACATTTTCTTCTTCATTTTGGTCTATGCAGTCTACTAATCTTGCCAACAAAGCTGAATGATATAAGGCTTACTAGGGAAAGTGATCTTCATGGGTGATGGTCCTCGAGGAATTCAAGTCTTCCCTGATTATTTTGCAGCATCAACTTCTTGT...
XM_057946533.1
GCCAACAAAGGTTTTCTTCTTTTTTTTCCTTGTAATATTTCGTTTGTAGTTGCAATTGTCTCTTTTTTGGGAGCTCTTTTAGCTTGATTTTAAGTCAATTTTGATGCAGAGCAGAATTAGTTTATATGCGCTTTTCTTAATTTACTGTCGCTGAATGATATAAGGCTTACTAGGGAAAGTGATCTTCATGGGTGATGGTCCTCGAGGAATTCAAGTCTTCCCTGATTATTTTGCAGCATCAACTTCTTGTTCAGGCTCTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131017801
ATGGGTGATGGTCCTCGAGGAATTCAAGTCTTCCCTGATTATTTTGCAGCATCAACTTCTTGTTCAGGCTCTCCTCCAACTCCAAGCCAAGCATCACCATCTGCCACAGAGTTGAGATCTCAGAGTCTCACATCAGCTCGTAGAAGATTAAAAAGTGCCAGATCGATGCTGAACTTGTTTAATTTAAGGGGACGCTTGTCTTGGAAATTAGGCGCAAATGGTGAGGAAAAGGTTGTATTAAGTGCTGTGGAGGTGGAATC...
LOC131017801
ATGGGTGATGGTCCTCGAGGAATTCAAGTCTTCCCTGATTATTTTGCAGCATCAACTTCTTGTTCAGGCTCTCCTCCAACTCCAAGCCAAGCATCACCATCTGCCACAGAGTTGAGATCTCAGAGTCTCACATCAGCTCGTAGAAGATTAAAAAGTGCCAGATCGATGCTGAACTTGTTTAATTTAAGGGGACGCTTGTCTTGGAAATTAGGCGCAAATGGTGAGGAAAAGGTTGTATTAAGTGCTGTGGAGGTGGAATC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057802515.1
MGDGPRGIQVFPDYFAASTSCSGSPPTPSQASPSATELRSQSLTSARRRLKSARSMLNLFNLRGRLSWKLGANGEEKVVLSAVEVESLRSEIASLEERESHFKAQLEHIDEILRSARLSGYLYLRMRWAALPGEQPPIDDTEVDDWLPRFIVLHGSCIYLYMKATDLSPQDSTILSDVVEVGRLPCLTLEDEASRYCFYILTRHGLRYECSSKSKIQVDSWLEALQIDCKLALDPDDLNEPKV
XP_057802516.1
MGDGPRGIQVFPDYFAASTSCSGSPPTPSQASPSATELRSQSLTSARRRLKSARSMLNLFNLRGRLSWKLGANGEEKVVLSAVEVESLRSEIASLEERESHFKAQLEHIDEILRSARLSGYLYLRMRWAALPGEQPPIDDTEVDDWLPRFIVLHGSCIYLYMKATDLSPQDSTILSDVVEVGRLPCLTLEDEASRYCFYILTRHGLRYECSSKSKIQVDSWLEALQIDCKLALDPDDLNEPKV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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