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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001304

染色体: Chr03 坐标: 15271009-15277782 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001304
名称SmilChr03G001304
描述mitochondrial import receptor subunit TOM20-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向15271009 - 15277782 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017810
GeneID131017810
locus_tag-
NCBI NameLOC131017810
原始查询SmilChr03G001304

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial import receptor subunit TOM20-like
产物mitochondrial import receptor subunit TOM20-like
ArabidopsisAT3G27080 (TOM20-3)
translocase of outer membrane 20 kDa subunit 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822326]
identity=55.5; qcov=0.99; evalue=9.1e-80; confidence=high
RiceOs01g0921600 (TOM20)
-
identity=52.5; qcov=0.99; evalue=1.62e-73; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005742 (mitochondrial outer membrane translocase complex); GO:0045040 (protein insertion into mitochondrial outer membrane)
KEGG-
PfamPF06552 (TOM20_plant)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017810

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057802524.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057802524.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.60000 XP_057802524.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802524.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802524.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802524.1
205 aa
N
1
102
205
TOM20_plant
C
PF06552 TOM20_plant 7-195 aa
XP_057802525.1
205 aa
N
1
102
205
TOM20_plant
C
PF06552 TOM20_plant 7-195 aa
XP_057802526.1
204 aa
N
1
102
204
TOM20_plant
C
PF06552 TOM20_plant 7-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802524.1 Pfam PF06552 TOM20_plant Repeat 7 195 1.7e-89 299.3 Plant specific mitochondrial import receptor subunit TOM20
XP_057802525.1 Pfam PF06552 TOM20_plant Repeat 7 195 1.7e-89 299.3 Plant specific mitochondrial import receptor subunit TOM20
XP_057802526.1 Pfam PF06552 TOM20_plant Repeat 7 194 1e-89 300.1 Plant specific mitochondrial import receptor subunit TOM20

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946542.1
CTGGAATTCGAATGTCTGAAAGCCCGAAGAATAGGCTAACTCATATAAAACCAGAAAAAGCCCTAACTGCACCTTGAGATTTTTTCCCCTGAATTAAATTAAGAAACCTTAGAAAAGTGAATAGAATTTGCACCGGTAGACCAGAAATATGGAGATGTCGAACGATTTCGATCGCCTTCTTTTCTTCGAGCACACTCGCAGAACCGCTGAAGCAATCTACGCGAAAAACCCTCATGACGCCGAGAATCTAACAAAATGGG...
XM_057946543.1
AAAAGCCCTAACTGCACCTTGAGATTTTTTCCCCTGAATTAAATTAAGAAACCTTAGAAAAGTGAATAGAATTTGCACCGGTAGACCAGAAATATGGAGATGTCGAACGATTTCGATCGCCTTCTTTTCTTCGAGCACACTCGCAGAACCGCTGAAGCAATCTACGCGAAAAACCCTCATGACGCCGAGAATCTAACAAAATGGGGAGGTGTGTTGTTGGAGTTATCGCAGTTTCAGAATGGTCCGGAGTCAAAGCAGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131017810
ATGGAGATGTCGAACGATTTCGATCGCCTTCTTTTCTTCGAGCACACTCGCAGAACCGCTGAAGCAATCTACGCGAAAAACCCTCATGACGCCGAGAATCTAACAAAATGGGGAGGTGTGTTGTTGGAGTTATCGCAGTTTCAGAATGGTCCGGAGTCAAAGCAGATGGTCCAAGATGCTATTGACAAGCTGGAAAAAGCACTGGTTGTTGACCCTAGAAAGCATGACGCACTCTGGTGCCTTGGGAATGCATATACATC...
LOC131017810
ATGGAGATGTCGAACGATTTCGATCGCCTTCTTTTCTTCGAGCACACTCGCAGAACCGCTGAAGCAATCTACGCGAAAAACCCTCATGACGCCGAGAATCTAACAAAATGGGGAGGTGTGTTGTTGGAGTTATCGCAGTTTCAGAATGGTCCGGAGTCAAAGCAGATGGTCCAAGATGCTATTGACAAGCTGGAAAAAGCACTGGTTGTTGACCCTAGAAAGCATGACGCACTCTGGTGCCTTGGGAATGCATATACATC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057802524.1
MEMSNDFDRLLFFEHTRRTAEAIYAKNPHDAENLTKWGGVLLELSQFQNGPESKQMVQDAIDKLEKALVVDPRKHDALWCLGNAYTSSAFLIPELEEAKVYFDKAAQYFEQAVELEPTNELYQKSLEVTSKAPGLHVEIHKHGLGEQVMAGGPSSSSTSTKQQSTKKSKSSDLKYDIFGWIILAVGIVAWVGFAKSNMPPPPPPR
XP_057802525.1
MEMSNDFDRLLFFEHTRRTAEAIYAKNPHDAENLTKWGGVLLELSQFQNGPESKQMVQDAIDKLEKALVVDPRKHDALWCLGNAYTSSAFLIPELEEAKVYFDKAAQYFEQAVELEPTNELYQKSLEVTSKAPGLHVEIHKHGLGEQVMAGGPSSSSTSTKQQSTKKSKSSDLKYDIFGWIILAVGIVAWVGFAKSNMPPPPPPR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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