Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001333`

染色体: Chr03 坐标: 15559588-15562476 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001333`
名称	SmilChr03G001333
描述	probable GABA transporter 2
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	15559588 - 15562476 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017827`
GeneID	`131017827`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017827`
原始查询	`SmilChr03G001333`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable GABA transporter 2
产物	probable GABA transporter 2
Arabidopsis	`AT5G41800` (AT5G41800) Transmembrane amino acid transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834185] identity=81; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0586500` (OsGAT1) - identity=70.3; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01490 (Aa_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017827

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057802548.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057802548.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057802548.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802548.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802548.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:15559734`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr3:15559966`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C53
`Chr3:15560066`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B139,B26
`Chr3:15560206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B13,C3
`Chr3:15560230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:15560284`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,B68,D2
`Chr3:15560394`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B13,C3
`Chr3:15560414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,C35,D1,D6
`Chr3:15560619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,B48,D11
`Chr3:15560798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr3:15561086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,B97
`Chr3:15562049`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B85,B98,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802548.1

445 aa

222

445

Aa_trans

PF01490 Aa_trans 21-428 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802548.1`	Pfam	`PF01490`	Aa_trans	Domain	21	428	9.9e-69	232.7	Transmembrane amino acid transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946565.1
ACAAAATAATCTCTCTCTGGTTTTCCATTTCCACGCACTATATATTCTTGCAAACAACAAACTAACCCAATAATATACACAGCATGTATGAGATGATGTGACTAAAGCTTCATGCGCACACACCTCTCCATCTCCCACACGCATCAATTTCATCCCATGTTTTCTCCTTGCTTTCTTCATCTCCCAAAAACAACACTTGTTAGCAGGCGGCTATGATGGCGGAGGAAATGAGCCGCGAGGGCGACGCCGGAGCGGCGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017827
ATGATGGCGGAGGAAATGAGCCGCGAGGGCGACGCCGGAGCGGCGTTCGTGCTGCAATCGAAAGGGAAGTGGTGGCACGCGGGGTTTCATCTCACCACGGCGATCGTGGGGCCCACCATACTGACGCTGCCCTACGCCTTCCGGGGGCTGGGGTGGGCCCTCGGCTTCCTTTGCCTCACCTCCATGGGGGCTGTCACCTTCTACTCCTACTACCTCATGTCCCTCGTGCTCGACCACTGCGAGAAGGCCGGCCGCCGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802548.1
MMAEEMSREGDAGAAFVLQSKGKWWHAGFHLTTAIVGPTILTLPYAFRGLGWALGFLCLTSMGAVTFYSYYLMSLVLDHCEKAGRRHIRFRELAADVLGSGWMFYFVVFIQTAVNTGISIGAILLAGECLQIMYSNLSPHGSLKLYHFIAMVTLVMILLSQFPSFHSLRHINLVSLLLSIGYTFLVVGACINAAASKRAPQRDYSLESSESSRIFSAFTSISIMAAIYGNGILPEIQATLAPPATGKMLKGLIMCYIVIF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器