Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001371

染色体: Chr03 坐标: 16096314-16107822 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001371
名称SmilChr03G001371
描述uncharacterized SmilChr03G001371
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向16096314 - 16107822 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017861
GeneID131017861
locus_tag-
NCBI NameLOC131017861
原始查询SmilChr03G001371

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017861

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802588.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057802588.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057802588.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057802588.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802588.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:16096730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr3:16096757 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C21
Chr3:16096794 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C64
Chr3:16096794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr3:16096836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr3:16096843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C49,C55,C60,D2
Chr3:16096915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B34
Chr3:16096922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946608.1
TCAAAGGCATTAAATTCCAATATTCTTTAAGATTTGCAAAATCTCTATAAGATCATCTAAATCTTGCAAATCCATTCATATCTCTCAAGCAACTCTCTCTCTCCTTCATCCTCACCAATCGGCCACCTCTCTCTCTCCTTTCTCTCTCATAATTCCTCCATTGTCAACCATTGGAGAGACCTCCGAAGCTTCACCAAAATATGCCAAACACATAAATCACCAACAAAATTCCACCTAAACACCTCCTATCAACTTGAATC...
XM_057946606.1
CAAAGGCATTAAATTCCAATATTCTTTAAGATTTGCAAAATCTCTATAAGATCATCTAAATCTTGCAAATCCATTCATATCTCTCAAGCAACTCTCTCTCTCCTTCATCCTCACCAATCGGCCACCTCTCTCTCTCCTTTCTCTCTCATAATTCCTCCATTGTCAACCATTGGAGAGACCTCCGAAGCTTCACCAAAATATGCCAAACACATAAATCACCAACAAAATTCCACCTAAACACCTCCTATCAACTTGAATCC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131017861
ATGACGAATTTGTGTGAGATGATGAATTCTGATACGAGGCAGTTGATGTGGAATACAAGGAAAGATGTTGAGACTAGTATCCACGGGATTGACGAGGCTGAGGCCATCACTCACCTGATTCCACAGCTGCCCCTCGAGTGGCAAGACTGGGCGACTTCGCTGGTGCCGCAGTATATCAGGAGGACTGAGTTCGGGCGGTTGGTGAGCGCCAATTTTCGTGGTTTCATCGCGACGTTGAGCCACCGCTACCTTGTTTATGG...
LOC131017861
ATGACGAATTTGTGTGAGATGATGAATTCTGATACGAGGCAGTTGATGTGGAATACAAGGAAAGATGTTGAGACTAGTATCCACGGGATTGACGAGGCTGAGGCCATCACTCACCTGATTCCACAGCTGCCCCTCGAGTGGCAAGACTGGGCGACTTCGCTGGTGCCGCAGTATATCAGGAGGACTGAGTTCGGGCGGTTGGTGAGCGCCAATTTTCGTGGTTTCATCGCGACGTTGAGCCACCGCTACCTTGTTTATGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057802588.1
MTNLCEMMNSDTRQLMWNTRKDVETSIHGIDEAEAITHLIPQLPLEWQDWATSLVPQYIRRTEFGRLVSANFRGFIATLSHRYLVYGEPPSPPYGESEGPAQGRELVVVPPLPEEPFPIAPLPPADPIPVSFEPDVSEPMVFEAYSPVVEHDPFAFLSLILFPSAELPPWDLTLATAPLPLPPVESA
XP_057802589.1
MTNLCEMMNSDTRQLMWNTRKDVETSIHGIDEAEAITHLIPQLPLEWQDWATSLVPQYIRRTEFGRLVSANFRGFIATLSHRYLVYGEPPSPPYGESEGPAQGRELVVVPPLPEEPFPIAPLPPADPIPVSFEPDVSEPMVFEAYSPVVEHDPFAFLSLILFPSAELPPWDLTLATAPLPLPPVESA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器