Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001395`

染色体: Chr03 坐标: 16545470-16547317 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001395`
名称	SmilChr03G001395
描述	berberine bridge enzyme-like 18
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	16545470 - 16547317 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017853`
GeneID	`131017853`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017853`
原始查询	`SmilChr03G001395`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	berberine bridge enzyme-like 18
产物	berberine bridge enzyme-like 18
Arabidopsis	`AT4G20820` (AT4G20820) FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827830] identity=47.9; qcov=0.987; evalue=4.05e-173; confidence=high
Rice	`Os06g0548800` - identity=45.3; qcov=0.942; evalue=1.59e-145; confidence=high
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01565 (FAD_binding_4); PF08031 (BBE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017853

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057802579.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057802579.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802579.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802579.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802579.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:16545672`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	14	A8,B108,B16,B18,B25,B70,C20,C21,C22,C23,C47,C51,C6,D8
`Chr3:16545830`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr3:16545865`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B119,B135
`Chr3:16545890`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B71,C13
`Chr3:16545979`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56
`Chr3:16546021`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr3:16546031`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	17	A21,A8,B109,B127,B54,B56,B63,B66,B79,B82,B94,C3,C34,C43,C44,C8,C9
`Chr3:16546129`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B124
`Chr3:16546129`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B124
`Chr3:16546132`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr3:16546159`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr3:16546225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802579.1

539 aa

270

539

FAD_binding_4

BBE

PF01565 FAD_binding_4 76-214 aa PF08031 BBE 465-524 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802579.1`	Pfam	`PF01565`	FAD_binding_4	Domain	76	214	7.3e-25	88.0	FAD binding domain
`XP_057802579.1`	Pfam	`PF08031`	BBE	Domain	465	524	1.9e-20	73.3	Berberine and berberine like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946596.1
GGATCACACAACACACACAAGACATTAAATTTCCTCACACATAAAAACTATAAATATAAACATAAGTTTCTCACAATTAATACTACTATTTCTTGTAGTGATAATGTCGTCTCTTAATTCCACTTTTACATTCCTTTTGTTAATTTTCGCAAACTTGTTACTTGTGGGAGCTTCTACATCTAACAATCATGATTTTCTGGAATGTCTAATCCATGAATTTCAACTCTCAAACTTAGATACTGATATAATCTACACCCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017853
ATGTCGTCTCTTAATTCCACTTTTACATTCCTTTTGTTAATTTTCGCAAACTTGTTACTTGTGGGAGCTTCTACATCTAACAATCATGATTTTCTGGAATGTCTAATCCATGAATTTCAACTCTCAAACTTAGATACTGATATAATCTACACCCCTCAAAATGCAACATATGCATCTCTTCTGCTAACCCAAAATCTACGGGCAGCTACCACCTCACCGGAGAAACCTGATCTCATCGTCACTCCATTCTATGTGTCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802579.1
MSSLNSTFTFLLLIFANLLLVGASTSNNHDFLECLIHEFQLSNLDTDIIYTPQNATYASLLLTQNLRAATTSPEKPDLIVTPFYVSEIQAAVFCSRKLGLQIRVKSGGHDYEGLSYTSASTPFMIIDMRNFRSVTVNDKAKTAWVQAGATLGELYYTISLKSKTLGFPAGACPTVGVGGHFSGGGYSMMSRKHSIASDHIVDAKLINADGEILDRSSMGEDLFWAIRGGGGTSFGIVLEFKVTLVSVPETVTVFNVTRTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器