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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001415

染色体: Chr03 坐标: 16797549-16798387 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001415
名称SmilChr03G001415
描述uncharacterized SmilChr03G001415
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向16797549 - 16798387 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017889
GeneID131017889
locus_tag-
NCBI NameLOC131017889
原始查询SmilChr03G001415

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Avr9/Cf-9 rapidly elicited protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834186]; symbol=AT5G41810; hit=AT5G41810; species=arabidopsis; confidence=low
产物Avr9/Cf-9 rapidly elicited protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834186]; symbol=AT5G41810; hit=AT5G41810; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G41810 (AT5G41810)
Avr9/Cf-9 rapidly elicited protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834186]
identity=34.8; qcov=1.24; evalue=8.76e-26; confidence=low
RiceOs06g0525200
-
identity=59; qcov=0.264; evalue=3.92e-10; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017889

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802609.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057802609.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802609.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802609.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802609.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:16797961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B52,C32,C68
Chr3:16798108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr3:16798148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr3:16798230 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 20 A1,A16,A21,B129,B132,B134,B136,B137,B26,B39,B66,B70,B8,B85,B98,C14,C15,C37,C50,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946626.1
TTTCTTGTAAAAAGTCTTATGGATTAGAAGTCGTTTCTTACCTCTTTCCGCGTCTATATATATATATATAGATTATAGTTATTGAGTTTGGAATGAAGAAAAATCCATCAACACAAATCCCCCAACCCCAATCATCTTTCTATCCAATCGAGAAAAATGGAGAAAGAAAATGCGAGGGAGAAGAAAAAGTCAACAGAATCGAGCAATAATCGTGTGATCTGGGATTGCGGCAGCTCGCTCTACGACTCGTTCGAGTTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017889
ATGGAGAAAGAAAATGCGAGGGAGAAGAAAAAGTCAACAGAATCGAGCAATAATCGTGTGATCTGGGATTGCGGCAGCTCGCTCTACGACTCGTTCGAGTTGAAATCACTGCAAAAAGAGCTCGATTCCGCCCTAGTCTCCAGAACTCTTTCAATGCCCCATTTATCCGACCGCCGCCGCCCTCCCCCGCCGCCGGCGAACAGGAAGCAGGCGTCGAGGATTTCCCGCTCTTTTCACAAGCTGATCCGAGCAATTTTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802609.1
MEKENAREKKKSTESSNNRVIWDCGSSLYDSFELKSLQKELDSALVSRTLSMPHLSDRRRPPPPPANRKQASRISRSFHKLIRAIFRPKSAKDSGYDEQPGKGFYVVYDRSAPKMAEIPEFDELSPELRPLVRRSASARFTSLGITCS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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