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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001423

染色体: Chr03 坐标: 16857776-16858627 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001423
名称SmilChr03G001423
描述uncharacterized SmilChr03G001423
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向16857776 - 16858627 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017896
GeneID131017896
locus_tag-
NCBI NameLOC131017896
原始查询SmilChr03G001423

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017896

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057802616.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057802616.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802616.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802616.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802616.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:16858147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:16858394 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C10,C74
Chr3:16858397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr3:16858452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C10,C74
Chr3:16858510 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 62 A11,A15,A21,B102,B108,B112,B119,B12,B121,B124,B125,B127,B131,B134,B137,B14,B16,B18,B22,B23,B31,B35,B38,B39,B42,B43,B51,B53,B55,B56,B59,B61,B62,B66,B70,B75,B77,B85,B88,B94,B96,B97,B98,C11,C13,C15,C21,C23,C31,C33,C44,C48,C50,C54,C62,C63,C65,C69,C81,C85,D4,D9
Chr3:16858518 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 3 B108,B97,C23
Chr3:16858518 G GTC 2bp_insertion CDS_variant 3 B108,B97,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946633.1
TATGCTTTGTGGAGTGGGCTTGGGATTAAAAGAGAAGATTTTTAAAGTATGATTGAACACCAACAATCTCTCTTGTTTGTGTGTATCTGTCTATCTATATATAAACACACACACACAATCTTTATCATCTCTATCAACACAGATTTGGAGATTGCGGCAATGGCCTCTGCTCAATCGCAGCAAAGTAGCCACCAAATCGAGCACAGCACCTATCACAGGAAGATCATACGCGACGACAAGAACAACTCTACCAACACACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017896
ATGATTGAACACCAACAATCTCTCTTGTTTGTGTGTATCTGTCTATCTATATATAAACACACACACACAATCTTTATCATCTCTATCAACACAGATTTGGAGATTGCGGCAATGGCCTCTGCTCAATCGCAGCAAAGTAGCCACCAAATCGAGCACAGCACCTATCACAGGAAGATCATACGCGACGACAAGAACAACTCTACCAACACACATGAGCACTCTTTGGGTGACAAGGTGAAGGACATGACCCATTCTGCTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802616.1
MIEHQQSLLFVCICLSIYKHTHTIFIISINTDLEIAAMASAQSQQSSHQIEHSTYHRKIIRDDKNNSTNTHEHSLGDKVKDMTHSAWKLFDHHGPNDTQVEMKKKKQHERHCISKMIGHVKNLKKKKMKKSKEDRYRGISSSDSESSSDNDNDITKKKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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