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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001427

染色体: Chr03 坐标: 16906026-16907941 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001427
名称SmilChr03G001427
描述probable inactive receptor kinase RLK902
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向16906026 - 16907941 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017899
GeneID131017899
locus_tag-
NCBI NameLOC131017899
原始查询SmilChr03G001427

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inactive receptor kinase RLK902
产物probable inactive receptor kinase RLK902
ArabidopsisAT3G17840 (RLK902)
receptor-like kinase 902 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821053]
identity=37.9; qcov=0.658; evalue=3.2e-34; confidence=medium
RiceOs03g0223000 (OsRLCK377)
-
identity=36.6; qcov=0.655; evalue=4.92e-33; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017899

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802619.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057802619.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057802619.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802619.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802619.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:16906253 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B72
Chr3:16906253 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B72
Chr3:16906274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:16906304 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr3:16906604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:16907609 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C53
Chr3:16907650 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C27
Chr3:16907653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,A23,B30,B54
Chr3:16907656 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,B97
Chr3:16907698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,A23,B30,B54
Chr3:16907719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B108,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802619.1
313 aa
N
1
156
313
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 65-256 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 100-312 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802619.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 65 256 6.4e-12 46.1 Protein kinase domain
XP_057802619.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 100 312 1.6e-14 54.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946636.1
AAAACACATCCAATAAGAATCCCCAATTTCCCAAATAAAAATACCCCACCATCCCACCCATTCATCCCCATGCCAAAACACCACTCCAAAACACCACAAAATCATCCAAACCCTAAAAAAAGAAGAAGAAAACCCTAGCTAAAAATGCTTTCCCGCGCCTTCGTGAAGCCGAGGAGGGTTCCCGACGAGAGCAGAGAGACGAGCATGCTGCGGTCGTCGTCCATATTCGAGCACGAAGACTTCCTGTTCGGGTTCATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017899
ATGCTTTCCCGCGCCTTCGTGAAGCCGAGGAGGGTTCCCGACGAGAGCAGAGAGACGAGCATGCTGCGGTCGTCGTCCATATTCGAGCACGAAGACTTCCTGTTCGGGTTCATGGACGACATCCCGCTGGTGTCGTGCAGCAAGAGCGGGGCGGAGATGACTCTGCGGCAGGTGCTGAGGGCGTCGGTGGGGGTGATCGGAGAGAGCCGGATGGGCATGACGGAGAAGGTGGTGCTGTTGGGAGGGAGGATCAGCGCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802619.1
MLSRAFVKPRRVPDESRETSMLRSSSIFEHEDFLFGFMDDIPLVSCSKSGAEMTLRQVLRASVGVIGESRMGMTEKVVLLGGRISAVKRFKRVVIRRNEFGRRVQRVAVIGNASEYLVPLTAYLYAKRIKFVVSDYYPMGSLADLLSGAKEEGHTALEWKYRYRIIQCIAKAIAFIHSQTPPKERHLKLNVHGNIKTSNVMINVDFSARLSDYGFVQLADQVAVEDTGQAELAIYEQKLSQESDVYNFGIVLMEILGWPD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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