Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001430`

染色体: Chr03 坐标: 16966140-16967800 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001430`
名称	SmilChr03G001430
描述	abscisic acid receptor PYL8-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	16966140 - 16967800 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017902`
GeneID	`131017902`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017902`
原始查询	`SmilChr03G001430`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	abscisic acid receptor PYL8-like
产物	abscisic acid receptor PYL8-like
Arabidopsis	`AT5G53160` (RCAR3) regulatory components of ABA receptor 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835397] identity=80.4; qcov=0.908; evalue=2.06e-103; confidence=high
Rice	`Os05g0213500` (OsPYL/RCAR5) - identity=78.6; qcov=0.908; evalue=1.63e-94; confidence=high
GO	GO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF10604 (Polyketide_cyc2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017902

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057802624.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057802624.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057802623.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057802624.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802624.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:16966546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B1,B126,B68
`Chr3:16966552`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr3:16966735`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr3:16967004`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	31	A19,A24,A5,A7,B100,B107,B118,B121,B122,B130,B134,B16,B31,B41,B42,B61,B71,B86,B9,C11,C15,C27,C34,C51,C69,C74,D10,D3,D4,D6,D9
`Chr3:16967011`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr3:16967108`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	76	A14,A23,A3,A6,B1,B10,B102,B112,B113,B117,B119,B120,B123,B13,B132,B136,B138,B139,B14,B140,B15,B18,B2,B27,B29,B35,B42,B43,B47,B5,B50,B52,B58,B61,B66,B67,B69,B72,B73,B82,B84,B85,B88,B89,B97,B98,C13,C14,C17,C23,C25,C29,C31,C33,C34,C35,C38,C39,C45,C46,C5,C50,C54,C58,C6,C63,C64,C66,C72,C77,C80,C84,C87,D1,D10,D6
`Chr3:16967189`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	71	A10,A15,A16,A20,A21,A25,B104,B108,B113,B115,B121,B127,B128,B13,B136,B17,B19,B2,B22,B23,B26,B28,B31,B40,B45,B46,B48,B50,B53,B59,B63,B71,B75,B80,B81,B83,B9,B92,B93,B94,B96,B97,B99,C11,C20,C26,C29,C36,C42,C47,C49,C50,C51,C53,C54,C55,C59,C61,C62,C64,C66,C67,C73,C75,C76,C79,C82,D3,D5,D7,D8
`Chr3:16967280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B29,B33,B99,C36,D3
`Chr3:16967286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,C11,C69
`Chr3:16967309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B29,B33,B99,C36,D3
`Chr3:16967360`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B33,B60,B99,C11,C36
`Chr3:16967380`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802623.1

192 aa

192

Polyketide_cyc2

PF10604 Polyketide_cyc2 29-110 aa

XP_057802624.1

185 aa

185

Polyketide_cyc2

PF10604 Polyketide_cyc2 29-172 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802623.1`	Pfam	`PF10604`	Polyketide_cyc2	Family	29	110	2e-09	38.5	Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport
`XP_057802624.1`	Pfam	`PF10604`	Polyketide_cyc2	Family	29	172	1e-19	71.9	Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946641.1
TTGCAGGTGCCAATGGCGGTGTGTTTTGGACTGTTGTGAAAGCTCTGACTTTGGTTCTCATTCAGTCATTCACTCCCCCTCTCCCCACCCACTACCAATCCCCTCCTCAATATCCACTTCCTCCTCCCTCACAAATCTCCACCGTTGATTCCCACAATGGTCGGCCCGATCAACGGCGGCGGACCCGAGGAGGATTTCATCCGGAGGCACCACAAGCACGACGTCGCCGAGAACCAGTGCTCCTCCTCCCTCGTCAAACA...

XM_057946640.1
TTGCAGGTGCCAATGGCGGTGTGTTTTGGACTGTTGTGAAAGCTCTGACTTTGGTTCTCATTCAGTCATTCACTCCCCCTCTCCCCACCCACTACCAATCCCCTCCTCAATATCCACTTCCTCCTCCCTCACAAATCTCCACCGTTGATTCCCACAATGGTCGGCCCGATCAACGGCGGCGGACCCGAGGAGGATTTCATCCGGAGGCACCACAAGCACGACGTCGCCGAGAACCAGTGCTCCTCCTCCCTCGTCAAACA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131017902
ATGGTCGGCCCGATCAACGGCGGCGGACCCGAGGAGGATTTCATCCGGAGGCACCACAAGCACGACGTCGCCGAGAACCAGTGCTCCTCCTCCCTCGTCAAACACATCAAAGCTCCTCTCCCCCTCGTGTGGTCGCTGGTGCGGCGCTTCGATCAGCCGCAGCGGTACAAGCCATTCGTGAGCCGGTGTATAGCGCAGGGCGATTTGCGGATTGGGACGGTGAGAGAGGTTAATGTCAAATCGGGGCTGCCCGCCACCAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057802623.1
MVGPINGGGPEEDFIRRHHKHDVAENQCSSSLVKHIKAPLPLVWSLVRRFDQPQRYKPFVSRCIAQGDLRIGTVREVNVKSGLPATTSKERLELLDDEEHIFSVRIVGGDHRLKVPPPSLSFSFAFPIHWTESATFLCLAFVIEKLNSTLFIRVIFSLSALLDSISSFLLIDSQFPVADLGQISLNYNNNMW

XP_057802624.1
MVGPINGGGPEEDFIRRHHKHDVAENQCSSSLVKHIKAPLPLVWSLVRRFDQPQRYKPFVSRCIAQGDLRIGTVREVNVKSGLPATTSKERLELLDDEEHIFSVRIVGGDHRLKNYSSIITVHPETIDGRAGTMVIESFVVDVPEGNTKDETCYFVEALIKCNLKSLADVSEHLAVQERQSMESE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器