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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001441

染色体: Chr03 坐标: 17144939-17145602 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001441
名称SmilChr03G001441
描述putative dynamin-related protein 4A
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向17144939 - 17145602 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017910
GeneID131017910
locus_tag-
NCBI NameLOC131017910
原始查询SmilChr03G001441

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative dynamin-related protein 4A
产物putative dynamin-related protein 4A
ArabidopsisAT1G60530 (DRP4A)
Dynamin related protein 4A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842348]
identity=65.3; qcov=1; evalue=4.11e-39; confidence=medium
RiceOs03g0260000
-
identity=70.6; qcov=1.01; evalue=1.01e-38; confidence=medium
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00350 (Dynamin_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017910

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057802634.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057802634.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057802634.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802634.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802634.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:17145182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:17145194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr3:17145220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B104,B84,C77
Chr3:17145225 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B22,B79,C48
Chr3:17145233 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A22,B37,C16,C33,C58,C63
Chr3:17145258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,C65
Chr3:17145274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B104,B84,C77
Chr3:17145283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C65,C72
Chr3:17145313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr3:17145321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B48,D5,D7
Chr3:17145326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr3:17145363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B104,B84,C36,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802634.1
101 aa
N
1
50
101
Dynamin_N
C
PF00350 Dynamin_N 10-99 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802634.1 Pfam PF00350 Dynamin_N Domain 10 99 3.4e-19 70.2 Dynamin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946651.1
GCTGAAGAAGAGGACCAAGAATCATCTCCGGCGACGGCTCATGACGCCCCCATCGTTTCCCCCTACAACGCCTGGATCCGGCCACTGCTGGACACCGTAGACAAGCTGCGCCACCTCAAGATCATGCAGGAAGGCATCCAGCTCCCCATCATCGTCGTCGTCGGCGACCAGTCCTCCGGCAAATCCAGCGTCCTCGAATCCCTTGCCGGCATCCGCCTCCCCCGCGGTGACGGCATCGGCACCAGAGTCCCTCTCATCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017910
ATGCAGGAAGGCATCCAGCTCCCCATCATCGTCGTCGTCGGCGACCAGTCCTCCGGCAAATCCAGCGTCCTCGAATCCCTTGCCGGCATCCGCCTCCCCCGCGGTGACGGCATCGGCACCAGAGTCCCTCTCATCATGAGGCTCAAGAATCACCCGAGCCCCGAGCCTCAGCTCTCCCTCGAATTCAATGGCAGAACCGTTCAAACCGACGAAGCCAACGTCGTCGACGAGATCATGTACACCACTCAGGAAATCGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802634.1
MQEGIQLPIIVVVGDQSSGKSSVLESLAGIRLPRGDGIGTRVPLIMRLKNHPSPEPQLSLEFNGRTVQTDEANVVDEIMYTTQEIAGKGKGISNTPLTLVI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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