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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001489

染色体: Chr03 坐标: 17953517-17955098 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001489
名称SmilChr03G001489
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g47360
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向17953517 - 17955098 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017955
GeneID131017955
locus_tag-
NCBI NameLOC131017955
原始查询SmilChr03G001489

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g47360
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g47360
ArabidopsisAT5G47360 (AT5G47360)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834783]
identity=38.8; qcov=0.989; evalue=2.07e-104; confidence=medium
RiceOs03g0225300 (OSJNBa0081P02.11)
-
identity=30.8; qcov=0.715; evalue=2.26e-43; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017955

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057802694.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802694.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802694.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802694.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802694.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:17953762 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B122
Chr3:17953762 CCT C 2bp_deletion CDS_variant 1 B122
Chr3:17953812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr3:17953839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B10,B71
Chr3:17954007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:17954055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr3:17954175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C10,C74
Chr3:17954220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,D11
Chr3:17954446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B100,B98,C14
Chr3:17954550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr3:17954646 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr3:17954934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802694.1
459 aa
N
1
230
459
PPR_3
PPR_long
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR
PPR
C
PF13812 PPR_3 122-180 aa PF17177 PPR_long 125-255 aa PF13041 PPR_2 168-217 aa PF01535 PPR 171-199 aa PF13812 PPR_3 192-248 aa PF12854 PPR_1 202-232 aa PF13041 PPR_2 203-251 aa PF01535 PPR 206-236 aa PF12854 PPR_1 235-267 aa PF13041 PPR_2 238-286 aa PF01535 PPR 241-271 aa PF13812 PPR_3 242-287 aa PF23276 TPR_24 243-332 aa PF13812 PPR_3 263-318 aa PF12854 PPR_1 270-300 aa PF13041 PPR_2 273-322 aa PF01535 PPR 276-301 aa PF12854 PPR_1 306-335 aa PF01535 PPR 311-340 aa PF01535 PPR 347-373 aa PF01535 PPR 419-447 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802694.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 122 180 1e-33 115.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057802694.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 125 255 1.7e-23 83.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057802694.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 168 217 5.5e-65 216.0 PPR repeat family
XP_057802694.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 171 199 6.2e-40 133.4 PPR repeat
XP_057802694.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 192 248 1e-33 115.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057802694.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 202 232 6.7e-48 160.8 PPR repeat
XP_057802694.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 203 251 5.5e-65 216.0 PPR repeat family
XP_057802694.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 206 236 6.2e-40 133.4 PPR repeat
XP_057802694.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 235 267 6.7e-48 160.8 PPR repeat
XP_057802694.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 238 286 5.5e-65 216.0 PPR repeat family
XP_057802694.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 241 271 6.2e-40 133.4 PPR repeat
XP_057802694.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 242 287 1e-33 115.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057802694.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 243 332 2.2e-19 70.4 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057802694.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 263 318 1e-33 115.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057802694.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 270 300 6.7e-48 160.8 PPR repeat
XP_057802694.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 273 322 5.5e-65 216.0 PPR repeat family
XP_057802694.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 276 301 6.2e-40 133.4 PPR repeat
XP_057802694.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 306 335 6.7e-48 160.8 PPR repeat
XP_057802694.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 311 340 6.2e-40 133.4 PPR repeat
XP_057802694.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 347 373 6.2e-40 133.4 PPR repeat
XP_057802694.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 419 447 6.2e-40 133.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946711.1
ATGCAGATTTCTATTTCATTCATTCGACACTCCTCATCCTTAATTGCACCCAGAGCCCCTGATTTCCCACTCAAAAGATTCCTCTTTTTCAGCAAATACTCATCAATTCCAGCTCAAGATTTTCTCGCCCATCTGCAGAAAGATCAATCCCATATCGAGAAAACCCTGGACACGGTGAAATCCGATCTGGATTCTCGATGCATCGCACAAGTGTTGGAACATTGTGCTATTGAAAAGCCCAAATTGGGCATCAGATTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017955
ATGCAGATTTCTATTTCATTCATTCGACACTCCTCATCCTTAATTGCACCCAGAGCCCCTGATTTCCCACTCAAAAGATTCCTCTTTTTCAGCAAATACTCATCAATTCCAGCTCAAGATTTTCTCGCCCATCTGCAGAAAGATCAATCCCATATCGAGAAAACCCTGGACACGGTGAAATCCGATCTGGATTCTCGATGCATCGCACAAGTGTTGGAACATTGTGCTATTGAAAAGCCCAAATTGGGCATCAGATTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802694.1
MQISISFIRHSSSLIAPRAPDFPLKRFLFFSKYSSIPAQDFLAHLQKDQSHIEKTLDTVKSDLDSRCIAQVLEHCAIEKPKLGIRFFVWAALHPTHRHSSYMYSKACKLLNLEKNPRIIADVVNEYRAEGFAVSIKMFKVLLNLCREAQDAEMGLWVLRTMKEFRCMPDTVSYNVVIRLLVAKVRLDESMGLLKEMRSIDVYPDMVTYGSIIKGFCDAGNLLAALGLVSVMKGHGCVPNSVIYSTILDGICMHGRLDVAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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