Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001491

染色体: Chr03 坐标: 18026293-18027534 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001491
名称SmilChr03G001491
描述arabinogalactan protein 41-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向18026293 - 18027534 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017958
GeneID131017958
locus_tag-
NCBI NameLOC131017958
原始查询SmilChr03G001491

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述arabinogalactan protein 41-like
产物arabinogalactan protein 41-like
ArabidopsisAT3G61640 (AGP20)
arabinogalactan protein 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825337]
identity=58.2; qcov=0.893; evalue=3.59e-19; confidence=low
RiceOs01g0657000 (OsAGP16)
-
identity=72.5; qcov=0.533; evalue=1.02e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF06376 (AGP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017958

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802697.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057802697.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802697.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802697.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802697.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802697.1
75 aa
N
1
38
75
AGP
C
PF06376 AGP 35-67 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802697.1 Pfam PF06376 AGP Family 35 67 3.1e-17 62.8 Arabinogalactan peptide

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946714.1
CCTTCCACCACTCATACACTTGCCTATTTTTGCTTTTCCTTAACGCATTCAAGGAGCAATTCGTTGCTGCACTACTCTCTCTCTCTCTCTGCACGAATAAATTCTTAGGGGGGGAACTGCAGAGGGGAGAGAGGAACGATTTTACAAAAAAAGAAAAAGATAAATAATAAAAAAGGAAGCAGAAAATGGCAGTGAATTGTAAGTTTTCGGTAGGCATTTTTGCTGCATTTGCCCTTGTTTTCGCAATCTTCATGCCTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017958
ATGGCAGTGAATTGTAAGTTTTCGGTAGGCATTTTTGCTGCATTTGCCCTTGTTTTCGCAATCTTCATGCCTGCTGTTCAAGGCCAGGGCCACGGCGCTTTCGCCCCTGCTCCTGCTCCAACCAGCGACGGAACTGCAATCGACCAGGGCATTGCATATGGGCTGATGCTGTTAGCTTTGGTCCTTACATACATCATCCACACCTTCGACGCCCCTTTCAGTATCTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802697.1
MAVNCKFSVGIFAAFALVFAIFMPAVQGQGHGAFAPAPAPTSDGTAIDQGIAYGLMLLALVLTYIIHTFDAPFSI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器