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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001492

染色体: Chr03 坐标: 18074022-18075038 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001492
名称SmilChr03G001492
描述uncharacterized SmilChr03G001492
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向18074022 - 18075038 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018487
GeneID131018487
locus_tag-
NCBI NameLOC131018487
原始查询SmilChr03G001492

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=low
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=40.3; qcov=0.248; evalue=3.77e-08; confidence=weak
RiceOs12g0292200
-
identity=34.5; qcov=0.3; evalue=4.99e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018487

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803186.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057803186.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057803186.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803186.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803186.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:18074034 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A13,A18,A25,B120,B126,B13,B14,B140,B25,B51,B52,B72,B80,B81,B82,B9,C7,D9
Chr3:18074058 T TTG 2bp_insertion frameshift_variant 111 A1,A10,A13,A18,A19,A2,A21,A22,A25,A6,A7,A9,B10,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B111,B114,B115,B117,B12,B120,B123,B126,B128,B129,B134,B135,B136,B137,B138,B140,B15,B19,B20,B24,B28,B3,B32,B37,B38,B40,B41,B42,B44,B45,B48,B5,B52,B53,B54,B55,B6,B61,B65,B66,B68,B73,B75,B76,B77,B81,B83,B84,B89,B9,B98,C1,C11,C19,C20,C22,C23,C24,C27,C3,C35,C36,C38,C40,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C52,C53,C55,C63,C67,C7,C71,C73,C75,C79,C8,C83,C86,C9,D1,D2,D6,D9
Chr3:18074110 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr3:18074112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B56,B79,C54,C71
Chr3:18074121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B11,B119,B41,B86
Chr3:18074243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C33,C35
Chr3:18074251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B72,C29
Chr3:18074261 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 6 C19,C55,C64,C66,C83,C87
Chr3:18074268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B32,C32,C60
Chr3:18074275 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 8 B114,B120,B32,B33,B81,B88,C43,C63
Chr3:18074277 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 8 B114,B120,B32,B33,B81,B88,C43,C63
Chr3:18074285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B38,C33,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947203.1
ATGCCGTTTCCCCAGCGTCACTATAAGATCGTCGATTTTCCGAGTGGGACTACACAAGAAGGGGCCAAGACGGCAGAGTATGAGAGTGCACCGCCGATTGAGGAAAAAGCTGAGGAGAAAGAGAGGATGAAAGAGCGGCTCTCTAAGTTTTTAGAGATCTTTAAGAAGGTGAACATCAACATTTCGTTGGTGGAGATGTTACTAGAGATGCTGCAATATGCCAAATTCCTCAAGGACATAGTCTCGCAAAAGAAGAAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018487
ATGCCGTTTCCCCAGCGTCACTATAAGATCGTCGATTTTCCGAGTGGGACTACACAAGAAGGGGCCAAGACGGCAGAGTATGAGAGTGCACCGCCGATTGAGGAAAAAGCTGAGGAGAAAGAGAGGATGAAAGAGCGGCTCTCTAAGTTTTTAGAGATCTTTAAGAAGGTGAACATCAACATTTCGTTGGTGGAGATGTTACTAGAGATGCTGCAATATGCCAAATTCCTCAAGGACATAGTCTCGCAAAAGAAGAAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803186.1
MPFPQRHYKIVDFPSGTTQEGAKTAEYESAPPIEEKAEEKERMKERLSKFLEIFKKVNINISLVEMLLEMLQYAKFLKDIVSQKKKLGKFETVRLNEECSAILQRKLSAKVKDPGSFTLFCIIGGQHFGRSLCDLGASINLMPLSIFQQLAIGELKPTYMRLQMAGRSITYPRGIVENVLVKVEDFIFPADFVVLDIEDDNKISLILGRPFLATGRALIDVEKGELTLRVHDESQTFFAYKPCHIRKDEVSKKAKDLGKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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