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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001494

染色体: Chr03 坐标: 18231075-18233159 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001494
名称SmilChr03G001494
描述uncharacterized SmilChr03G001494
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向18231075 - 18233159 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017961
GeneID131017961
locus_tag-
NCBI NameLOC131017961
原始查询SmilChr03G001494

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0587600
-
identity=48.8; qcov=0.141; evalue=9.49e-06; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017961

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057802700.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057802701.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057802701.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802700.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802700.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:18232063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr3:18232069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr3:18232430 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 5 A20,B128,B58,B95,C87
Chr3:18232430 G GA 1bp_insertion CDS_variant 5 A20,B128,B58,B95,C87
Chr3:18232464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr3:18232506 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B54
Chr3:18232506 AAT A 2bp_deletion CDS_variant 1 B54
Chr3:18232520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B22,C60
Chr3:18232704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B7,B83,B96,C67
Chr3:18232707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr3:18232724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B127,C16,D5
Chr3:18232762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946718.1
TCTTATGTGTGTTGACCAAGAAACCTAGAGGGAGAATAACACTTGACATCTTCAAGCCGCCGGAGTTGACTGTCCTCCGTTCACACCGGACGTTCACACCGGACGTGTGTGAACGTTCACACCGGACGTGTGTGAACGTTCACACCGGACGTGTGTGAACGTTCACACCGGACGTTCACACTTGGTTTAACACCTATAAATATGGGTGTATTGTGAACTTCATTTGTAGCTCTAATCTATTCTCTCGCTTCTCTCAAGTT...
XM_057946717.1
GTGAACGTTCACACCGGACGTTCACACTTGGTTTAACACCTATAAATATGGGTGTATTGTGAACTTCATTTGTAGCTCTAATCTATTCTCTCGCTTCTCTCAAGTTTATAACATCTCGCTTCTCTCTAGTTTATAACACGTTATCAGCACGAAAGTTCTAGTTCTCTCATCATCTCCCTTCGATCGTAAAAGAATTGCACGGATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCATCGCCCTTGACATCTCGGGCAAGAATTACA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131017961
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCATCGCCCTTGACATCTCGGGCAAGAATTACATGTCATGGACTCTTGATGCTGATATTCACCTGATCTCAAGGGGTCTAGGAGAAACTATCAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATCGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAGTATCTGACTGTCAAAGATCCACAAGAATTGTGGATGAACCTCAAAGACAGGTTTGA...
LOC131017961
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCATCGCCCTTGACATCTCGGGCAAGAATTACATGTCATGGACTCTTGATGCTGATATTCACCTGATCTCAAGGGGTCTAGGAGAAACTATCAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATCGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAGTATCTGACTGTCAAAGATCCACAAGAATTGTGGATGAACCTCAAAGACAGGTTTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057802700.1
MANIAKLEFIALDISGKNYMSWTLDADIHLISRGLGETIKEGNKASDQDRAKALIFLRHHLHDDLKTEYLTVKDPQELWMNLKDRFDHQKTVVLPKARYEWMHLRLQDFKSVSAYNSELFRIVSKLKLCGEKISDTDMLEKTFSTFHASNVLLQQQYRERGFKKYSELIACLLVAEQNNELLLKNHALRPTGSAALPEANATFNHDNGRGRGRGRGRGYGRGRGRGKPHDATFSNKKHKASNEHNSYKKEGECQRCGMTG...
XP_057802701.1
MANIAKLEFIALDISGKNYMSWTLDADIHLISRGLGETIKEGNKASDQDRAKALIFLRHHLHDDLKTEYLTVKDPQELWMNLKDRFDHQKTVVLPKARYEWMHLRLQDFKSQQYRERGFKKYSELIACLLVAEQNNELLLKNHALRPTGSAALPEANATFNHDNGRGRGRGRGRGYGRGRGRGKPHDATFSNKKHKASNEHNSYKKEGECQRCGMTGHWARTCRTAKYLADLYQDSIKGKGKKESNNVDFDGPIDTTHLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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