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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001504

染色体: Chr03 坐标: 18397894-18404947 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001504
名称SmilChr03G001504
描述cation/H(+) antiporter 18-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向18397894 - 18404947 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017970
GeneID131017970
locus_tag-
NCBI NameLOC131017970
原始查询SmilChr03G001504

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cation/H(+) antiporter 18-like
产物cation/H(+) antiporter 18-like
ArabidopsisAT5G41610 (CHX18)
cation/H+ exchanger 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834163]
identity=64.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0276100 (OsCHX14)
-
identity=61.9; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006885 (regulation of pH); GO:0012505 (endomembrane system); GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:1902600 (proton transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00999 (Na_H_Exchanger); PF23256 (CHX17_2nd); PF23259 (CHX17_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017970

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802715.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802715.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802715.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802715.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802715.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:18401811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:18401812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B66
Chr3:18401869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B137,B41,B68,C19
Chr3:18401877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:18401883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,C32,C68,D3
Chr3:18401940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr3:18402668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C9
Chr3:18402884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr3:18402990 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B108
Chr3:18402990 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B108
Chr3:18402993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr3:18403016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802715.1
802 aa
N
1
401
802
Na_H_Exchanger
CHX17_2nd
CHX17_C
C
PF00999 Na_H_Exchanger 47-422 aa PF23256 CHX17_2nd 483-609 aa PF23259 CHX17_C 623-772 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802715.1 Pfam PF00999 Na_H_Exchanger Domain 47 422 1.5e-65 222.3 Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane
XP_057802715.1 Pfam PF23256 CHX17_2nd Domain 483 609 4.8e-42 143.8 Plant cation/H(+) antiporter domain
XP_057802715.1 Pfam PF23259 CHX17_C Domain 623 772 3.3e-26 92.8 Plant cation/H(+) antiporter, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946732.1
TGATAAGCTACTCTACTCCCCTTTCTCTCTCTAGACTACCTCTTCACTTGTGCATAATTTTAATACCATTTCTTCCACTATCTTTGGAACTCTGTTTTGTGCCTTCTCTCTCTTCTACACAAATTCTACATTATTCAAAGCATCAAACAACACACACACACACGCGTTTCGTTTCATCTGTATGTATGTATAGAGAGAGCTTCAGCAAAGGGGCGAGTCTTGTTGCAATCTTTCTCCAACGCGTTTCCACGATATGATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017970
ATGGCAGCTAACGCCACGAAATGCCCGCCGCCTATGAAGGCGACCTCGAACGGCTTGTTCCAAGGCGACGATCCTCTGCATTACGCACTTCCCCTTCTCATCATACAGATATGTCTGGTGCTGCTGCTCACTCGAGGGCTCGCGTATCTTCTCCGGCCGCTGCGCCAGCCGCGCGTGATCGCCGAAATCATAGGTGGAATTCTACTAGGGCCATCAGCTTTAGGGCGCAACCAGAAATATCTAGAAGCTATATTCCCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802715.1
MAANATKCPPPMKATSNGLFQGDDPLHYALPLLIIQICLVLLLTRGLAYLLRPLRQPRVIAEIIGGILLGPSALGRNQKYLEAIFPARSLTVLDTIANLGLLFFLFLVGLELDPPSLKRTGKKALSIALAGITLPFALGIGTSFAFRATISADAKQAPFLVFMGVALSITAFPVLARILAELKLLTTDVGRMAMSAAAVNDVAAWVLLALAIALSGTGSPLVSLWVFLCGFGFVFLCILGAPPIFKWMARRCPEGEPVDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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