Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001505`

染色体: Chr03 坐标: 18406028-18407845 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001505`
名称	SmilChr03G001505
描述	uncharacterized SmilChr03G001505
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	18406028 - 18407845 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017971`
GeneID	`131017971`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017971`
原始查询	`SmilChr03G001505`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017971

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802716.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057802716.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802716.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802716.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802716.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:18406053`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B36,C17,C72,D9
`Chr3:18406110`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B48,C33
`Chr3:18406110`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B48,C33
`Chr3:18406111`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	35	A1,A18,A22,A24,A3,A7,B139,B17,B35,B36,B38,B5,B55,B56,B59,B61,B62,B69,B9,B91,C14,C16,C17,C22,C23,C28,C32,C43,C60,C65,C68,C76,C8,C84,D6
`Chr3:18406116`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	D10
`Chr3:18406116`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	D10
`Chr3:18406120`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr3:18406132`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B36,B72,B90,C17,C8
`Chr3:18406142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr3:18406145`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr3:18406189`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr3:18406191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XR_009099950.1
CTCCTCCTTCATTTTTTCAACACAACTTTCACTTCTATTTCTCAAAATTCCCAAATTTCCCCCTCCGATTCCCCATTTCCGGCGACTCCCGCTGCGTGCTCCCCTCCGGCGACTCGTCCACGCCGCCGTTTCCACCGCGCCCCTGCTCGCTCCGCCTCGCTCCGCCCCGCGCCGCTCCCTGCGCTGCTGCCCGCCCCGCGCCTCGCCGCTGGTCGCCCCGCCTCGCGCCGCTGCCGCCCTGCGCCGCTGCCCGTCCCACG...

XM_057946736.1
CTAAAAAAAAGGTGAATGAACCGCGCCTCCTCCTTCATTTTTTCAACACAACTTTCACTTCTATTTCTCAAAATTCCCAAATTTCCCCCTCCGATTCCCCATTTCCGGCGACTCCCGCTGCGTGCTCCCCTCCGGCGACTCGTCCACGCCGCCGTTTCCACCGCGCCCCTGCTCGCTCCGCCTCGCTCCGCCCCGCGCCGCTCCCTGCGCTGCTGCCCGCCCCGCGCCTCGCCGCTGGTCGCCCCGCCTCGCGCCGCTGC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131017971
ATGAACCGCGCCTCCTCCTTCATTTTTTCAACACAACTTTCACTTCTATTTCTCAAAATTCCCAAATTTCCCCCTCCGATTCCCCATTTCCGGCGACTCCCGCTGCGTGCTCCCCTCCGGCGACTCGTCCACGCCGCCGTTTCCACCGCGCCCCTGCTCGCTCCGCCTCGCTCCGCCCCGCGCCGCTCCCTGCGCTGCTGCCCGCCCCGCGCCTCGCCGCTGGTCGCCCCGCCTCGCGCCGCTGCCGCCCTGCGCCGCTG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057802716.1
MNRASSFIFSTQLSLLFLKIPKFPPPIPHFRRLPLRAPLRRLVHAAVSTAPLLAPPRSAPRRSLRCCPPRASPLVAPPRAAAALRRCPSHAALLLAPPLPGAVSSAASARFLRRHRSSSSAATGPLPPLPASVGFLHRGKRVLGLESNLTLPIVFFLCFCFFLAGLFGSIIISQDVNRGVSRHKLLQDVGYEQGNSMVHGESGESLVRSEHVSWR

XP_057802718.1
MNRASSFIFSTQLSLLFLKIPKFPPPIPHFRRLPLRAPLRRLVHAAVSTAPLLAPPRSAPRRSLRCCPPRASPLVAPPRAAAALRRCPSHAALLLAPPLPGAVSSAASARFLRRHRSSSSAATGPLPPLPASVGFLHRGKRVLGLESNLTLPIVFFLCFCFFLAGLFGSIIISQDVNRGVSRHKLLQDVGYEQGNSMVHGESGESLVRRQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器