Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001510`

染色体: Chr03 坐标: 18512938-18514058 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001510`
名称	SmilChr03G001510
描述	dirigent protein-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	18512938 - 18514058 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017974`
GeneID	`131017974`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017974`
原始查询	`SmilChr03G001510`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dirigent protein-like
产物	dirigent protein-like
Arabidopsis	`AT4G23690` (DIR6) Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828469] identity=53.5; qcov=0.846; evalue=2.57e-58; confidence=high
Rice	`Os07g0638500` (OJ1340_C08.109) - identity=43.9; qcov=1.05; evalue=1.81e-46; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03018 (Dirigent)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017974

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057802724.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057802724.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802724.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802724.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802724.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:18513208`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr3:18513215`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr3:18513262`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B3,B44,B63,B83
`Chr3:18513271`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr3:18513278`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:18513319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B124,B18,B61,B85
`Chr3:18513366`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B137,B41,B42,B43,C19
`Chr3:18513375`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,B114,B7,C54,C82
`Chr3:18513468`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C14
`Chr3:18513546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B124,B18,B61,B85
`Chr3:18513575`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B50
`Chr3:18513575`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802724.1

188 aa

188

Dirigent

PF03018 Dirigent 36-181 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802724.1`	Pfam	`PF03018`	Dirigent	Family	36	181	4.5e-37	127.8	Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946741.1
CTAAATTTATATATGATGCAAGTCGAAAATTAGCTAAACATTTGTCGCCTCGCGAATTGAAAATGACGACCGACTCTATAGACACTAGTATCTTTTTTTAATCATTTAAATTTGAAGAAGCTCACCCCACACTCACCAACTCCCCACTCCAAGGCCCTATATATTTGACTCCACACATACGTAATCTACATCACACGATACTACTAGCTTCCTTCTAGTAAGACTACTCAATTTTGTAACATATCAACTAGTAGCAACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017974
ATGGCCTCTACATCAAAATTGAGGGCCATTTTCTTGTGCCTCCTCATCTCCGCCGCAGCAGCCTCCGCGCCCCGCGGCCGGAAACCCCACAACCGACAACCCTGTCAGCAGCTCGTCTTTTATTTCCACGACATTCTTTACAATGGGCAAAATTACAACAACGCCACTTCCGCGATCATTGGATCCCCACAGTGGGGCAACAAGACCACGGTGGCGACGCCCTACAACTTCGGCGACTTGGTGGCGTTCGACGACCCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802724.1
MASTSKLRAIFLCLLISAAAASAPRGRKPHNRQPCQQLVFYFHDILYNGQNYNNATSAIIGSPQWGNKTTVATPYNFGDLVAFDDPITLDNNLHSPPVGRAQGMYLYDQRSIYGALLSFSFLFNSTDHVGTLNFAGADPLMNKTRDISVIGGTGDFFMARGVATLSTDSFEGDVYFRLRVEINLYECW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器