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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001513

染色体: Chr03 坐标: 18535293-18547050 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001513
名称SmilChr03G001513
描述UDP-glycosyltransferase 83A1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向18535293 - 18547050 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017978
GeneID131017978
locus_tag-
NCBI NameLOC131017978
原始查询SmilChr03G001513

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 83A1-like
产物UDP-glycosyltransferase 83A1-like
ArabidopsisAT3G02100 (AT3G02100)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820287]
identity=41.3; qcov=1; evalue=1.13e-114; confidence=medium
RiceOs03g0757600
-
identity=40; qcov=1; evalue=2.68e-120; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017978

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057802727.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057802727.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802727.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802727.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802727.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:18535495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,C13
Chr3:18535515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr3:18535638 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B68,C48,C62
Chr3:18535668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B80
Chr3:18535716 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 7 A1,B14,B51,B89,C17,C23,C29
Chr3:18535760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,B44,B63,B80,B83
Chr3:18535769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,B67,C46
Chr3:18535800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B131,B22,B28,B66
Chr3:18535818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B129,B132,B2
Chr3:18535836 CGT C 2bp_deletion frameshift_variant 2 B115,B21
Chr3:18535836 CGT C 2bp_deletion CDS_variant 2 B115,B21
Chr3:18535843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802727.1
467 aa
N
1
234
467
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 281-441 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802727.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 281 441 3.2e-24 86.3 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946744.1
CTTGTTCTCCTTGAGATCACATTTGGTGCAAGGTCTCTTTCACAATAGAAAACCTTTATTTATTTCACGTATCATTACTGAACTTCTTAAGTAGCTCTTGCTCTTACACATTTGTAGCATTCATCAAAGCTTAATCTATGGCTGCGATTTCTGGCAACAAACCCCATGTGTTGGCCGTGGCAATCCCTGCCCAAGGCCATGTGAAGCCGATGATGAGTCTATGTCGCCAAATAGCCAAACACGGCATTAAGGTCACCCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017978
ATGGCTGCGATTTCTGGCAACAAACCCCATGTGTTGGCCGTGGCAATCCCTGCCCAAGGCCATGTGAAGCCGATGATGAGTCTATGTCGCCAAATAGCCAAACACGGCATTAAGGTCACCCTTGTTAATGCCCAAACTATACATAACAAAATAGTTTCTTCATCTGCTGCAGAGGAAGCTGATTCCGACGGCAACTTTGTGATGGAAACTGTGCCCGACGGGCTAACGCCGGACGACGATCCCAACAGCCTCTATAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802727.1
MAAISGNKPHVLAVAIPAQGHVKPMMSLCRQIAKHGIKVTLVNAQTIHNKIVSSSAAEEADSDGNFVMETVPDGLTPDDDPNSLYKLLQTLPKTMPETLPELIERINGENPNEKISCVIADLSFGWVLEIAEKMGAQTVGFSPPSFATFAILLHLPNLIQQGYIDANGSLENNIDMIRLSDEIPGWRNDEFPWSIPGDLKHQKLFFNCEQSYKAANRAKWLLSNTCYELEPAACDLHPNMLPVGPLHLVETAKTQEKSRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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