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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001564

染色体: Chr03 坐标: 19757860-19758912 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001564
名称SmilChr03G001564
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向19757860 - 19758912 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018501
GeneID131018501
locus_tag-
NCBI NameLOC131018501
原始查询SmilChr03G001564

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
ArabidopsisAT2G27110 (FRS3)
FAR1-related sequence 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817253]
identity=26.7; qcov=0.577; evalue=5.89e-22; confidence=low
RiceOs11g0681300
-
identity=26.9; qcov=0.606; evalue=9.95e-21; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018501

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803202.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057803202.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803202.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803202.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803202.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:19757866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B4,C27,C44
Chr3:19757885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B14,D1
Chr3:19757988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr3:19758028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr3:19758065 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr3:19758264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B32,B4,C44
Chr3:19758308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr3:19758323 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B120
Chr3:19758323 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 B120
Chr3:19758324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr3:19758325 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr3:19758362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947219.1
ATGATCGAAGAATATGACCTTACATCAAACAAATGGTTCTCTGACATCTATGAAGATCGTTCAATGTGGATACCAGCGTATTTCAGAGATGTACACATGAGTGGTCTATTTCGAACCACTTCAATGTCCGAGAGCGAGAATAGCTATTTCAAACGCTATATCAACAAGCATTCTAATCTTGTGATACTATATAATAACTTCTGCAGTGCTCTTGACGCACAGAGATATAAGTACAAGGAGGTAACACATGCGGATGAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018501
ATGATCGAAGAATATGACCTTACATCAAACAAATGGTTCTCTGACATCTATGAAGATCGTTCAATGTGGATACCAGCGTATTTCAGAGATGTACACATGAGTGGTCTATTTCGAACCACTTCAATGTCCGAGAGCGAGAATAGCTATTTCAAACGCTATATCAACAAGCATTCTAATCTTGTGATACTATATAATAACTTCTGCAGTGCTCTTGACGCACAGAGATATAAGTACAAGGAGGTAACACATGCGGATGAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803202.1
MIEEYDLTSNKWFSDIYEDRSMWIPAYFRDVHMSGLFRTTSMSESENSYFKRYINKHSNLVILYNNFCSALDAQRYKYKEVTHADETRSPVMMTNLKIEHNAAIVYTNSVFKEVQEQIDHANKGCAIRKMYTQGDEEIYVVEDNIDGEFTVRYVRPQHDVLCSCTLFTRKGTPCMHMFVVFRNLKLDAIPDKYIVRRWCKFSILCPNESLGVVREDGSKSTPNFEFLIFKVVSEMIGRVRGNQEMCDQLYDNLIQVRDKY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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