Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001579`

染色体: Chr03 坐标: 19955044-19956198 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001579`
名称	SmilChr03G001579
描述	putative F-box protein At2g02030
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	19955044 - 19956198 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018503`
GeneID	`131018503`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018503`
原始查询	`SmilChr03G001579`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative F-box protein At2g02030
产物	putative F-box protein At2g02030
Arabidopsis	`AT1G33530` (AT1G33530) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840247] identity=26.9; qcov=0.638; evalue=1.31e-19; confidence=low
Rice	`Os04g0194000` (OsFbox184) - identity=26.1; qcov=0.677; evalue=2.99e-09; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF08268 (FBA_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018503

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803205.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803205.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057803205.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803205.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803205.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:19955138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B61,B85
`Chr3:19955350`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B35,B55
`Chr3:19955468`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:19955890`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr3:19955947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C4
`Chr3:19955954`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C4
`Chr3:19955958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C4
`Chr3:19955993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B128,B35,C4
`Chr3:19956018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B128,B35,C4
`Chr3:19956057`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C4
`Chr3:19956147`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,A24,B50,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803205.1

384 aa

192

384

F-box

FBA_3

PF00646 F-box 13-51 aa PF08268 FBA_3 78-251 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803205.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	13	51	1.3e-08	35.1	F-box domain
`XP_057803205.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	78	251	7.6e-07	29.2	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947222.1
ATGGATAGCAAAAGCAGCAAAGTATCTCTCCTTTTTCTTCATGAAGCAATCATCGAAGAAATACTGTTAAGAATTCCGGTGAGATCTCTCTTGAGATTCCGTTGCGTTTCGAAATCATGGCGTTGTTTGATTGACAGCGACCGATTCATCAAAAACCACTTCCAAACCTCATCAAAAAACGCATCTTTGGCCCATCACAGGCATTTTTATTTTCTTGACTCGCACGAGGAGGCCGTCTCGGACAAGAAGGCCGTCTCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018503
ATGGATAGCAAAAGCAGCAAAGTATCTCTCCTTTTTCTTCATGAAGCAATCATCGAAGAAATACTGTTAAGAATTCCGGTGAGATCTCTCTTGAGATTCCGTTGCGTTTCGAAATCATGGCGTTGTTTGATTGACAGCGACCGATTCATCAAAAACCACTTCCAAACCTCATCAAAAAACGCATCTTTGGCCCATCACAGGCATTTTTATTTTCTTGACTCGCACGAGGAGGCCGTCTCGGACAAGAAGGCCGTCTCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803205.1
MDSKSSKVSLLFLHEAIIEEILLRIPVRSLLRFRCVSKSWRCLIDSDRFIKNHFQTSSKNASLAHHRHFYFLDSHEEAVSDKKAVSDGDEESDSDEESHSNNEESESIHIVGCCNGLVCYWSNFGNLEKGYFELLNPATTITGRILPELELKIEDRVWSIGDCGFDWDESSGAHKVFVVLHWGNWDRMAKLYSSETNSWKTVIEVIDFENMSMYRTPVLSSGKLHWLRTDHIVTFDMKSEEFGVMERPHAQVVSLMRVDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器