Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001581

染色体: Chr03 坐标: 19967704-19968601 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001581
名称SmilChr03G001581
描述late embryogenesis abundant protein At1g64065-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向19967704 - 19968601 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018038
GeneID131018038
locus_tag-
NCBI NameLOC131018038
原始查询SmilChr03G001581

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述late embryogenesis abundant protein At1g64065-like
产物late embryogenesis abundant protein At1g64065-like
ArabidopsisAT1G64065 (AT1G64065)
Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745848]
identity=31.2; qcov=0.931; evalue=8.69e-24; confidence=low
RiceOs06g0521300
-
identity=25.1; qcov=0.882; evalue=6.58e-12; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018038

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802763.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802763.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802763.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802763.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802763.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:19967766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,C60,D11
Chr3:19967940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B72
Chr3:19967951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A24,B46,B50,D3
Chr3:19967976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:19968038 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr3:19968083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B80,D11
Chr3:19968125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B90,B92
Chr3:19968153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B117,C37
Chr3:19968172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr3:19968255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B128,B136,B26,B45
Chr3:19968276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B80
Chr3:19968281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A24,B46,B50,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946780.1
AACTATCTGCCGCCTTTGAAGCTTTCTCATTAATATTGCTCAACCCGTCCACTTCAATTCATCTCCAAATCAACATCTCTCTCTCTTGTGCGTAATGCAAATGTTGATGATTCAATAAAGTAATCACAACTTGCATTTACAAAAATTCTCTGATTTCTTTGAAATACACTTACAAAAAGCTTGTAATAACAAAATCCTACTATTATATTTATACATCCAAGAAAAAAAAAAGGTATGGAGGAAGAAAACCATCTAAATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018038
ATGGAGGAAGAAAACCATCTAAATCCACCACCAAAAAATCATCAAAAAATCCATGAATTTGCGAGGAATAAACAAGAAGGCGGAAGCAAAACCTTAGTTTATATTCTAGTCGCCGTGGTTCTACTAAGCATCGCCTTCCTAATATTCGGCCTCGTCGTGCTCCGAATCAAGGCTCCCACTCTCCGCCTATCAAACGTCGTCGTAAGGGACCTGCGCCACACATCTTCGTCGCTGAACATGACCATGATCGCCGATATCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802763.1
MEEENHLNPPPKNHQKIHEFARNKQEGGSKTLVYILVAVVLLSIAFLIFGLVVLRIKAPTLRLSNVVVRDLRHTSSSLNMTMIADITLHNMNFGRFQFRGGSAALLYGNATFGAASISAGGVGGRGRRRISATVEMIIGGPPPENYMNISRDIESNLVRLMSVAELRGEIRVMKIVNRIRTASMNCSMDLNLSGQQVQGLSCQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器