当前解析结果
SmilChr03G001595| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001595 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001595 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G001595 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 20217603 - 20258715 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018051 |
|---|---|
| GeneID | 131018051 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018051 |
| 原始查询 | SmilChr03G001595 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03004 (Transposase_24) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018051 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057802769.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802769.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802769.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802769.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057802769.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:20257766 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A6 |
Chr3:20257780 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr3:20257927 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr3:20257940 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,B30,B91 |
Chr3:20257947 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | A1,B129,B132,B2,C12 |
Chr3:20257947 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | A1,B129,B132,B2,C12 |
Chr3:20258000 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr3:20258003 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,B9 |
Chr3:20258026 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | A13 |
Chr3:20258026 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A13 |
Chr3:20258128 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,B108,B122 |
Chr3:20258132 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C49,C5,C62 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802769.1PF03004
Transposase_24 8-113 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802769.1 |
Pfam | PF03004 |
Transposase_24 | Family | 8 | 113 | 1.6e-15 | 58.2 | Plant transposase (Ptta/En/Spm family) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。