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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001598

染色体: Chr03 坐标: 20304955-20305665 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001598
名称SmilChr03G001598
描述uncharacterized SmilChr03G001598
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向20304955 - 20305665 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018510
GeneID131018510
locus_tag-
NCBI NameLOC131018510
原始查询SmilChr03G001598

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]; symbol=AT2G06105; hit=AT2G06105; species=arabidopsis; confidence=low
产物aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]; symbol=AT2G06105; hit=AT2G06105; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=34.3; qcov=0.493; evalue=1.27e-06; confidence=low
RiceOs12g0292200
-
identity=38.6; qcov=0.401; evalue=1.56e-06; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018510

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803211.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057803211.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803211.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803211.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803211.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:20304981 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 77 A11,A14,A20,A25,A3,B100,B108,B110,B113,B115,B119,B123,B127,B13,B130,B134,B136,B137,B139,B15,B17,B25,B26,B3,B31,B32,B35,B36,B42,B46,B49,B53,B56,B62,B65,B7,B72,B73,B74,B75,B76,B78,B93,B95,B97,B98,B99,C1,C10,C21,C23,C25,C26,C29,C35,C36,C43,C46,C47,C49,C53,C58,C63,C64,C66,C72,C73,C77,C80,C81,C82,C86,D1,D10,D11,D3,D8
Chr3:20304982 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B7
Chr3:20304989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B7
Chr3:20305002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C8
Chr3:20305025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B69
Chr3:20305027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B69
Chr3:20305336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B32,C80
Chr3:20305339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B32,C80
Chr3:20305404 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr3:20305425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr3:20305439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C21
Chr3:20305441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947228.1
ATGCCCCAGTATGCCAAGTTCCTTAGGGACGTTGTCTCGCGCAAGAAAAAGTTGGGAGATTTCGAGACTGTCAACCTCAACGAGGAGTGTAGTGCAATTCTACAAAGAAAGCTGCATGCGAAGATCAAGGATTCGAGCAGTTTCACCTTATCATGCATTATTGGAGGCCAGCAGTTTGGAAGGGCGCTCTATGATTTGGGAGCGAGCATCAATCTTATGCATCTCTCTATTTTTCAGCGACTGGCCATTGGGGAGATGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018510
ATGCCCCAGTATGCCAAGTTCCTTAGGGACGTTGTCTCGCGCAAGAAAAAGTTGGGAGATTTCGAGACTGTCAACCTCAACGAGGAGTGTAGTGCAATTCTACAAAGAAAGCTGCATGCGAAGATCAAGGATTCGAGCAGTTTCACCTTATCATGCATTATTGGAGGCCAGCAGTTTGGAAGGGCGCTCTATGATTTGGGAGCGAGCATCAATCTTATGCATCTCTCTATTTTTCAGCGACTGGCCATTGGGGAGATGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803211.1
MPQYAKFLRDVVSRKKKLGDFETVNLNEECSAILQRKLHAKIKDSSSFTLSCIIGGQQFGRALYDLGASINLMHLSIFQRLAIGEMKPTSMVLQMVDRLVTYPHGVVEDVLDPAEQKSQGRDMAGKCGAERGWSQHCLYQPL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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