当前解析结果
SmilChr03G001619| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001619 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001619 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G001619 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 20655934 - 20656875 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018517 |
|---|---|
| GeneID | 131018517 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018517 |
| 原始查询 | SmilChr03G001619 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0566300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os02g0566300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os02g0566300- identity=31.7; qcov=0.338; evalue=1.46e-07; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00098 (zf-CCHC); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018517 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057803218.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057803218.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057803218.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803218.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803218.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:20655963 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B110 |
Chr3:20655967 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr3:20655969 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B110 |
Chr3:20655969 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B110 |
Chr3:20655972 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,B110,B13 |
Chr3:20656019 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 12 | B103,B30,B36,B54,B86,C17,C30,C35,C5,C7,C75,C76 |
Chr3:20656077 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,B140,D9 |
Chr3:20656092 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B78,B95,B98,C50 |
Chr3:20656100 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B78,C36,C82 |
Chr3:20656125 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A14,B42,D11 |
Chr3:20656130 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B12,B137,B55,C2 |
Chr3:20656135 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,B35,B93,D1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803218.1PF00098
zf-CCHC 141-156 aa
PF08284
RVP_2 168-296 aa
PF13650
Asp_protease_2 191-277 aa
PF13975
gag-asp_proteas 191-279 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 199-296 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803218.1 |
Pfam | PF00098 |
zf-CCHC | Domain | 141 | 156 | 1.1e-05 | 26.0 | Zinc knuckle |
XP_057803218.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 168 | 296 | 1.1e-27 | 97.3 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057803218.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 191 | 277 | 9.4e-06 | 27.0 | Aspartyl protease |
XP_057803218.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 191 | 279 | 8.2e-07 | 30.2 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057803218.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 199 | 296 | 9.6e-10 | 39.6 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。