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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001622

染色体: Chr03 坐标: 20789933-20793653 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001622
名称SmilChr03G001622
描述pectin acetylesterase 7-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向20789933 - 20793653 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018071
GeneID131018071
locus_tag-
NCBI NameLOC131018071
原始查询SmilChr03G001622

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pectin acetylesterase 7-like
产物pectin acetylesterase 7-like
ArabidopsisAT4G19410 (AT4G19410)
Pectinacetylesterase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827682]
identity=41.5; qcov=0.959; evalue=7.53e-106; confidence=medium
RiceOs02g0702400
-
identity=41.5; qcov=0.967; evalue=6.46e-105; confidence=medium
GOGO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0052793 (pectin acetylesterase activity); GO:0071555 (cell wall organization)
KEGG-
PfamPF03283 (PAE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018071

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057802780.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802780.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802780.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802780.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802780.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:20790039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B92,C66
Chr3:20790059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B92,C66
Chr3:20790061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr3:20791213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr3:20791732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B101,C14,C73
Chr3:20791741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C14,C73
Chr3:20791795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C24,C54
Chr3:20791914 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 5 B127,B80,C13,C25,C59
Chr3:20791914 TTA T 2bp_deletion CDS_variant 5 B127,B80,C13,C25,C59
Chr3:20792868 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B110,B136,B52
Chr3:20793010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802780.1
389 aa
N
1
194
389
PAE
C
PF03283 PAE 22-386 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802780.1 Pfam PF03283 PAE Family 22 386 5.7e-118 394.9 Pectinacetylesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946797.1
TTTTTTATTTTTGACGTTTTCTTTTCTTAATCAAGGCTCTCATTTATTTTTAAAGCCTCTTGTGAAGCTATTCCTGGCATGCATTCTCTGTACATATAATAATCATTCTTTAATAGCAGTTTCATATTTAATTAGTATGAATATGACTGATACCTATATTCTGCAGAGGATTAATCATCTCTATTCTATCACAAAGTAATCAAGTCCGTCTCTCTTATTAATAGTAATGAAAATTGACGTTTAATTAAACGAGTTCAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018071
ATGGCAGCTCGGGGTTTTGTGTTTTGCGCTCTTCTTCTGCTAATTGCTCAGCGTGTTGGAGCCGATGAGGTCCCTTTCACTGAGGTCGTCAACGCCTACGAGAGAAATGCAGTTTGTTTAGATGGGTCGCCCGCTGGGTACCATCTTGCATCTGGATATGGAGATGGAGCAACAAACTGGATAGTCTATCTAAAGGGAGGAGGATGGTGCGAAGACAACCAAGCGTGCCAACGCAACAAAACCACATCCGTTGGGAGTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802780.1
MAARGFVFCALLLLIAQRVGADEVPFTEVVNAYERNAVCLDGSPAGYHLASGYGDGATNWIVYLKGGGWCEDNQACQRNKTTSVGSSRGINFVKLTGILNKSPDINPDFYNWNRVYVIYCDQASFLGDSMIGQGQTQLDFRGSRIYDAVIDDLLAKGMNCADNAILAGRSAGGLATILHCDEFRARLPNASRVKCISDAGFFIRAKDLPNADFRQGYYASIIKFHNISSFLPTSCTERIDPNLCLFPEYFVGDVETPLFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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