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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001634

染色体: Chr03 坐标: 21034448-21036617 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001634
名称SmilChr03G001634
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g23950
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向21034448 - 21036617 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018080
GeneID131018080
locus_tag-
NCBI NameLOC131018080
原始查询SmilChr03G001634

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g23950
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g23950
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0004713 (protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018080

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802792.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057802793.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057802792.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057802793.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057802793.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:21034691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:21034724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr3:21034761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B11,B123,B78,C72
Chr3:21034764 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B46
Chr3:21034764 CTG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B46
Chr3:21034771 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B46
Chr3:21034771 C CCA 2bp_insertion CDS_variant 1 B46
Chr3:21034773 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B46
Chr3:21034773 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B46
Chr3:21034777 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B46
Chr3:21034777 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B46
Chr3:21034788 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802792.1
134 aa
N
1
67
134
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 7-121 aa PF00069 Pkinase 7-127 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802792.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 7 121 6.4e-18 65.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057802792.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 7 127 1.2e-19 71.5 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100015.1
ATCATGTATTTTCTTATGGAGTCGCTCTACACGAGCAGGTTCTCCGCTGCTCCGTTTCGTTTCTCTGAATCAGTTGCCCCGTTCCGTTTCTATGAATCAGTTGCCCTAAATCAGTTCTCTGATTATTTTAATTGACGTCGGCCCCTGCTCCGTTCGCCGCGCCGTCAGCCGGAGTCCCCTGCTGCTGTCTGCCGCCGCTTCTCTCCCCTGCCGGATCTCCTCTCTCTCTCTCAAATTTGAAAGTTTATGCCAAATTCGAG...
XM_057946810.1
TCAAAGTTAATTTGTTGATTTTGTTGAATTCTCTGCTAAATTGGATTTTGATGCTTTATGTCCTTTTTCCTCAAAGTTTATGCCAAATTCGAGTTGTCGTTCACCTGCCGGAATCGCCACATTCTGATTCTCCTTTGCTCTCTTGCTTCTCCTTTCCTTCAACAGAAATTTTCAACAAGGAAGAACTTAATAGCTTGAAAGTATTCAGGGAAATCCACAAATTTGTGGAAGCCACTCTGCTGAAAAATGTTCTGGATCAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131018080
ATGGGAACTACAGGGGAATCACAGTTCAGAATTGAGCTGGAGATGATCAGTCTAGCAGTCCATCGCAATCTGCTTCGTATAATAGGCTACTGCGCCACCCCAAATGAGAGGTTTCTTGTGTATCCTTATATGTCTAATGGGAGTGTGGCGGCAAGACTTAGAGGGGAACCGACTCTAGATTGGACGACGAGGAAGAAGATTGCAGTGGGAGCTGCAAGGGGGCTGCTGTATCTCCATGAGCACTGTGATACCAAGATAAT...
LOC131018080
ATGCTTTATGTCCTTTTTCCTCAAAGTTTATGCCAAATTCGAGTTGTCGTTCACCTGCCGGAATCGCCACATTCTGATTCTCCTTTGCTCTCTTGCTTCTCCTTTCCTTCAACAGAAATTTTCAACAAGGAAGAACTTAATAGCTTGAAAGTATTCAGGGAAATCCACAAATTTGTGGAAGCCACTCTGCTGAAAAATGTTCTGGATCAAATCTTGCAAGCCCTCTTGCATTCTCAAGGAATCAATCTTCAGGCAGAACC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057802792.1
MGTTGESQFRIELEMISLAVHRNLLRIIGYCATPNERFLVYPYMSNGSVAARLRGEPTLDWTTRKKIAVGAARGLLYLHEHCDTKIIYRNVKAANVLLDEHYEAVVGDFGLAKLLDHGESHVTTTVMLFEFMLC
XP_057802793.1
MLYVLFPQSLCQIRVVVHLPESPHSDSPLLSCFSFPSTEIFNKEELNSLKVFREIHKFVEATLLKNVLDQILQALLHSQGINLQAEPIRGKLGDGVVGQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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