当前解析结果
SmilChr03G001634| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001634 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001634 |
| 描述 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g23950 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 21034448 - 21036617 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018080 |
|---|---|
| GeneID | 131018080 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018080 |
| 原始查询 | SmilChr03G001634 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g23950 |
| 产物 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g23950 |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0004713 (protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018080 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057802792.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057802793.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057802792.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057802793.1 |
| 5 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057802793.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:21034691 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr3:21034724 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr3:21034761 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B11,B123,B78,C72 |
Chr3:21034764 |
CTG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B46 |
Chr3:21034764 |
CTG |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr3:21034771 |
C |
CCA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B46 |
Chr3:21034771 |
C |
CCA |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr3:21034773 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B46 |
Chr3:21034773 |
T |
TA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr3:21034777 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B46 |
Chr3:21034777 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr3:21034788 |
AAT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802792.1PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 7-121 aa
PF00069
Pkinase 7-127 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802792.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 7 | 121 | 6.4e-18 | 65.7 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
XP_057802792.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 7 | 127 | 1.2e-19 | 71.5 | Protein kinase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。