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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001637

染色体: Chr03 坐标: 21114267-21117392 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001637
名称SmilChr03G001637
描述uncharacterized SmilChr03G001637
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向21114267 - 21117392 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018086
GeneID131018086
locus_tag-
NCBI NameLOC131018086
原始查询SmilChr03G001637

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018086

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802799.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057802799.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802799.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802799.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802799.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:21114474 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B122,C86
Chr3:21114474 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 B122,C86
Chr3:21114506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr3:21114517 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 14 A15,A21,A3,B100,B11,B117,B119,B131,B24,B31,B41,B89,C21,D10
Chr3:21114521 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 10 B103,B30,B86,C17,C30,C35,C5,C7,C75,C76
Chr3:21114534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B73,C86
Chr3:21114538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr3:21114557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr3:21114572 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 B124,B131,B36,B49,B79,B80,B83,C55,C59,D8
Chr3:21114576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B140,B33,C82
Chr3:21114587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,C18,C49
Chr3:21114607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,B87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100020.1
GCAGATTTAATTTAGTATGTTGCAGTTTATCAATTTTAGCAAGACCAAGTAGCAGACAGATACAGAAATACAACGTTTAGTAATTCGAAACCAGTATTTTTAGTACAAACCGTGGGTTTTACTTGGCTATTGCCTATCTTCTACAAAAAAAAAAAGAAAAAAAGGAAGAAAAGTCAAAAAGGGAAGGGATGTGTGCTGCAGAGGTAACATCTCCTGCACTCCTTTCCCCACTTGCAACTGCACTCCCTCGTCCCCTGCAG...
XR_009100021.1
GCAGATTTAATTTAGTATGTTGCAGTTTATCAATTTTAGCAAGACCAAGTAGCAGACAGATACAGAAATACAACGTTTAGTAATTCGAAACCAGTATTTTTAGTACAAACCGTGGGTTTTACTTGGCTATTGCCTATCTTCTACAAAAAAAAAAAGAAAAAAAGGAAGAAAAGTCAAAAAGGGAAGGGATGTGTGCTGCAGAGGTAACATCTCCTGCACTCCTTTCCCCACTTGCAACTGCACTCCCTCGTCCCCTGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018086
ATGTGTGCTGCAGAGGTAACATCTCCTGCACTCCTTTCCCCACTTGCAACTGCACTCCCTCGTCCCCTGCAGAAGAAGCCGACCACCCTCTCTGCACCCCATCTTTTTAACCCTCGACAAAGAAGACTTCCAGCCACCCTATCTCTGCTCATCTTGCTAGCATACTCAAGTATGCAGCAACCAATTTCTTCTATTAGTATCAACTCCCACCAGCATTGCAATACTCACCCACACCTCATTTTCACCAAGAAAAAAAAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802799.1
MCAAEVTSPALLSPLATALPRPLQKKPTTLSAPHLFNPRQRRLPATLSLLILLAYSSMQQPISSISINSHQHCNTHPHLIFTKKKKNRRTVPACFCQSSQIPVHSTHHNGKAREITHSLFARNFKVKVSFDSSSPINFNLYLLKGTSSIFSVKLYHIPFNSNSNQHKHSRLSFREKGQLPVQTSPRERRTPTAGTEKEGGELSSSRLHQNSSNCGQTPEQGQTAEATSDIE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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