Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001671`

染色体: Chr03 坐标: 21760774-21764204 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001671`
名称	SmilChr03G001671
描述	uncharacterized SmilChr03G001671
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	21760774 - 21764204 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015607`
GeneID	`131015607`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015607`
原始查询	`SmilChr03G001671`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transferring glycosyl group transferase (DUF604) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834147]; symbol=AT5G41460; hit=AT5G41460; species=arabidopsis; confidence=high
产物	transferring glycosyl group transferase (DUF604) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834147]; symbol=AT5G41460; hit=AT5G41460; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G41460` (AT5G41460) transferring glycosyl group transferase (DUF604) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834147] identity=67.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0578800` - identity=65; qcov=0.84; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0008375 (acetylglucosaminyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02434 (Fringe); PF04646 (DUF604)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015607

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057800032.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057800032.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800032.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800032.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800032.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:21761474`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr3:21761507`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr3:21761571`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B49,B79,C55,C60,D8
`Chr3:21761823`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B67,C46,C53
`Chr3:21761832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr3:21763108`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr3:21763132`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,B12,B17
`Chr3:21763435`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr3:21763568`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800032.1

520 aa

260

520

Fringe

DUF604

PF02434 Fringe 178-306 aa PF04646 DUF604 242-495 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800032.1`	Pfam	`PF02434`	Fringe	Domain	178	306	1.8e-11	44.5	Fringe-like
`XP_057800032.1`	Pfam	`PF04646`	DUF604	Family	242	495	7e-117	390.0	Protein of unknown function, DUF604

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944049.1
GATTCAGCCTCTATTAATTTGTATGAAAATACATTAAATGATTAGGTCCGGTTAGCTACGCTGCTCTTGCTGTGTTTTGTCCCTCAAATGGGGTTTCTTCAATTCGACTCACTAATGGTCTACTACATACACCACTTTTTGTATCTATCTCCATCTACGTATATTTGAGATTTATTTATGTATTTACAAACAACTACATATTAATTGAAAAAAGCGAGTGCAGTGGCATCGTATACGGCGCCAATATACGTACATATATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015607
ATGAAGGCGGCTCAAAACAATCCAGAAAAATTCATTTGGGAGTCGGTGAGGGTTCCCGCCGGAGGCGCGGCGTCGCAGGGCAAAATCCTGCCGAAGATGATGGTGTGGCTGATCCTGTTCGTCTCCGCCACCTACGTCGTCTACACATTGAAGCTCGTTTCGTCTTCCCACGGCGGCGGGGCAGGCGGCGCCGCCGCCTGCTCCGACGAGGCTGACGTGTTCTCCCGCCGCCACAAAACCCTCCACCTCGCCGCCTCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800032.1
MKAAQNNPEKFIWESVRVPAGGAASQGKILPKMMVWLILFVSATYVVYTLKLVSSSHGGGAGGAAACSDEADVFSRRHKTLHLAASNANASATMIPPPPPPVKTGLEHIVFGIAASAKLWEQRKEYIKLWWRPERGMRGIVWLDSPVKTRRNESGRLPELRISGDTARFAYRNKQGHRSAIRISRIVSETLRLGAAAAGNVRWFVMGDDDTVFVRDNLVRILNKYDHNQYYYIGSLSESHLQNIYFSYGMAYGGGGFAIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器