Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001702`

染色体: Chr03 坐标: 22625339-22626262 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001702`
名称	SmilChr03G001702
描述	uncharacterized SmilChr03G001702
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	22625339 - 22626262 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018538`
GeneID	`131018538`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018538`
原始查询	`SmilChr03G001702`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os12g0292200` - identity=26.4; qcov=0.335; evalue=1.25e-06; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018538

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057803238.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057803238.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057803238.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803238.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803238.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:22625341`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	B103,B110,B18,B25,B6,C11,C31,C69,C70,D4
`Chr3:22625348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	114	A10,A13,A19,A2,A21,A22,A4,A5,A7,B100,B101,B102,B104,B106,B109,B11,B110,B115,B117,B119,B120,B124,B125,B126,B127,B132,B135,B138,B139,B15,B18,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B31,B33,B34,B35,B39,B40,B43,B44,B47,B49,B50,B55,B59,B60,B61,B63,B64,B65,B66,B7,B71,B76,B80,B82,B83,B85,B86,B89,B9,B95,B96,B99,C1,C13,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C23,C24,C26,C27,C3,C32,C35,C40,C44,C45,C47,C48,C51,C52,C54,C55,C56,C58,C61,C62,C66,C68,C71,C72,C74,C75,C76,C78,C8,C84,C85,C86,C87,D3,D5,D7,D8
`Chr3:22625357`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B56,B97,C77
`Chr3:22625363`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	31	A8,B105,B114,B122,B14,B16,B18,B28,B34,B72,B84,B90,B91,B92,B97,C14,C16,C24,C25,C37,C38,C53,C56,C64,C66,C67,C81,C82,C9,D1,D8
`Chr3:22625391`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	29	A10,A6,A9,B100,B107,B113,B132,B137,B14,B18,B27,B28,B42,B45,B46,B5,B52,B54,B70,B73,B77,B87,C21,C34,C45,C5,C50,C75,D5
`Chr3:22625432`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	36	A16,A25,A4,A7,A8,B1,B102,B111,B120,B122,B124,B125,B140,B22,B27,B35,B4,B51,B53,B57,B58,B7,B80,B83,C17,C26,C31,C34,C36,C46,C59,C71,C79,C80,D11,D9
`Chr3:22625445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr3:22625462`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	91	A10,A13,A18,A19,A2,A21,A22,A5,B10,B104,B109,B110,B114,B115,B119,B120,B122,B124,B126,B127,B132,B135,B138,B139,B18,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B31,B32,B33,B34,B39,B40,B42,B43,B44,B47,B49,B50,B63,B64,B65,B66,B67,B71,B77,B80,B81,B82,B83,B89,B95,B99,C1,C13,C16,C17,C18,C19,C2,C23,C24,C27,C3,C32,C36,C43,C44,C45,C47,C49,C54,C55,C61,C62,C68,C73,C74,C76,C78,C8,C80,C84,C86,C87,D3,D8
`Chr3:22625471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C16
`Chr3:22625471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr3:22625480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	25	A14,B1,B112,B118,B132,B17,B3,B31,B39,B41,B48,B58,B59,B61,B7,B76,B9,C24,C28,C38,C40,C43,C52,C57,C74
`Chr3:22625486`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	17	A13,B106,B29,B30,B31,B36,B51,B61,B72,B78,B8,B93,C11,C36,C51,C65,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947255.1
ATGACCAAACAGAACATGGAGTCACAGTCTGCTACAATCAAGCGTCTTGAGACAACCGTTGGACAACTCTCAGGGACCTTGAACCAGATGCAACAGCAGCAACAACCAGGGAAGCTCCATGGCCAAGGATTGCAACCTCATCAAGCTCAAGCTGTCACAGTCCTACGGAGTGGAAAGAAGGTGGACAACAAAGTGGAGATCCCTACTGACGAGCTCCCTAAGGAAACTTGTGAGGAGGAGATGGTGAAAGAAGTACCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018538
ATGACCAAACAGAACATGGAGTCACAGTCTGCTACAATCAAGCGTCTTGAGACAACCGTTGGACAACTCTCAGGGACCTTGAACCAGATGCAACAGCAGCAACAACCAGGGAAGCTCCATGGCCAAGGATTGCAACCTCATCAAGCTCAAGCTGTCACAGTCCTACGGAGTGGAAAGAAGGTGGACAACAAAGTGGAGATCCCTACTGACGAGCTCCCTAAGGAAACTTGTGAGGAGGAGATGGTGAAAGAAGTACCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803238.1
MTKQNMESQSATIKRLETTVGQLSGTLNQMQQQQQPGKLHGQGLQPHQAQAVTVLRSGKKVDNKVEIPTDELPKETCEEEMVKEVPPPREEEQQGEPSVKLHKATKPYRPPILYPGQLRNEKQDQQFTDFYNMLAKVNVNLPLLDVIRNVRAYVKFFKELASKKRKFVDNEKILVSEVANSIMQQPLPPKQRDPGIFVINIALGNGKEASDRSVRYPRGVIEDILVRVGGLIVPVDFVVLEIGEVHENGKEHTLLLGRPF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器