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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001723

染色体: Chr03 坐标: 23133489-23134569 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001723
名称SmilChr03G001723
描述uncharacterized SmilChr03G001723
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向23133489 - 23134569 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015629
GeneID131015629
locus_tag-
NCBI NameLOC131015629
原始查询SmilChr03G001723

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015629

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057800054.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057800054.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057800054.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800054.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800054.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:23133666 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B126,B127,B36,B5,B6,B92,C76
Chr3:23133672 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 11 A9,B14,B67,B98,C1,C20,C39,C45,C58,C72,C87
Chr3:23133675 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B86,C17,C80
Chr3:23133687 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr3:23133694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr3:23133732 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B127,B96,C37,C66
Chr3:23133732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B96,C37,C66
Chr3:23133807 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 3 A20,A23,B44
Chr3:23133807 T TC 1bp_insertion CDS_variant 3 A20,A23,B44
Chr3:23133891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr3:23133894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B5,B77,B9,C70
Chr3:23133919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944071.1
TTGGTTTTTGCACCTATTTTTATTTTTCTTCTTTTAAATACCTAACCTTTAGTTTTTGTCTCAAATTTGTCCAGCGACCGGTTTTTTCTTACGCCGGCGCCGGAAATGCCACTGTGGCTGCCGGAATTGATGAGTTGGCAGCCGGAATTCTCCACTTGGCTCATTTTTGACATGTGGCAAAAAAATTTAAAAAAAAATTGAAATAAAAATACATGTGGAAAAAGAATAAAAAAATAAAAAGAAAATCACTCCCCCCCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015629
ATGTGGAAAAAGAATAAAAAAATAAAAAGAAAATCACTCCCCCCCAAATCGTCCTTTCCCCATTTCCAAACCCTAACTCTCCCTCCCCCACCCAGCGCCGCCCTCTGCCGCCTCCACCACCGCCGGTGCCGCCACCCACCGCCACCACCAACGCTCCACCGCCTAGAGCAGCAGAGGAAGCCGATTGCCGCCGCCGTCCTCTGCCTCACCAAGCTCCAGATCGAGAAGCTCCACTCCAAAGCCGATCTCGAGCTTGATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800054.1
MWKKNKKIKRKSLPPKSSFPHFQTLTLPPPPSAALCRLHHRRCRHPPPPPTLHRLEQQRKPIAAAVLCLTKLQIEKLHSKADLELDNSPTHRRSLPFPHPPLHPSATPSPDSLAWKTTEYSTWSLRVNHSGSKQAGERKVFPSDLGEFEVALGYGGGPTEGRAGLTFGEVISVRIWKRQLVVEDLGGGEGGWDCGGCWIDLMVVKFCEWWWWQGGGCGGLGEGRGQRRWCWQG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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