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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001736

染色体: Chr03 坐标: 23363616-23367449 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001736
名称SmilChr03G001736
描述uncharacterized SmilChr03G001736
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向23363616 - 23367449 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015656
GeneID131015656
locus_tag-
NCBI NameLOC131015656
原始查询SmilChr03G001736

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0166600; species=rice; confidence=high
产物hit=Os04g0166600; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT1G19330 (AT1G19330)
histone deacetylase complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838515]
identity=54.6; qcov=0.947; evalue=2.6e-67; confidence=high
RiceOs04g0166600
-
identity=63.7; qcov=0.991; evalue=1.28e-93; confidence=high
GOGO:0000118 (histone deacetylase complex); GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF13867 (SAP30_Sin3_bdg)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015656

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800065.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800065.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800065.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800065.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800065.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800065.1
228 aa
N
1
114
228
SAP30_Sin3_bdg
C
PF13867 SAP30_Sin3_bdg 167-220 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800065.1 Pfam PF13867 SAP30_Sin3_bdg Family 167 220 1.2e-20 74.2 Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944082.1
CAAATCCACATTCACAAGGCAGTTACTAAAAATTTAGTGTGCTCCCTTTCCCCGTCTCTCGCTCTCCCTCTCTCTCTCTGAAATCCGAAAGCACAAACTTTCTCTCTCTTCCAATACTAGCCACCCGCGCTTCAAATTTGATTGCTTTTTTCCCTCTCCATTTTGTTATTGTATGCTAATTCTCGTCGTCGTCGACTGTCATTGTCCGTTGCTTGCTCTTTCTAGAGCGGATACACATCCGTCCGTACAGAACTGGAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015656
ATGCTGGCAACAGAGTCATGCCCTTCGCGGGTTTTATCTCCTTTACGTGATGAAAGCGGCGATGAAGAGCTGTCTGTTCTTCCCAGGCATACAAAGGTTATAGTCACAGGGAATAACAGAACAAAGAGTGTTTTGGTCGGTTTGCAAGGAGTGGTCAAGAAGGCTGTTGGTCTTGGTGGTTGGCATTGGCTGGTACTGAAGAATGGTGTAGAGGTCAAGCTTCAAAGGAATGCTTTGAGTGTATTAGAACCACCTACTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800065.1
MLATESCPSRVLSPLRDESGDEELSVLPRHTKVIVTGNNRTKSVLVGLQGVVKKAVGLGGWHWLVLKNGVEVKLQRNALSVLEPPTGNEEDNEYDFDDSSSGSDMGEKNHRRFSYGLHLSKITKPRVRYNIPWSPSAASTKSMNHGSCREIQSNFCATQLRVNLAKLGTGSLWRYCRSFHLANISSHPTKEQLIKAVQQHFSSQKVDEVQVIVEFIRAAKRLQSVGKD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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