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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001751

染色体: Chr03 坐标: 23741102-23741413 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001751
名称SmilChr03G001751
描述zinc finger AN1 domain-containing stress-associated protein 12-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向23741102 - 23741413 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018547
GeneID131018547
locus_tag-
NCBI NameLOC131018547
原始查询SmilChr03G001751

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger AN1 domain-containing stress-associated protein 12-like
产物zinc finger AN1 domain-containing stress-associated protein 12-like
ArabidopsisAT3G28210 (PMZ)
zinc finger (AN1-like) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822447]
identity=61.2; qcov=0.65; evalue=7.82e-25; confidence=medium
RiceOs09g0385700 (OsSAP17)
-
identity=61.8; qcov=0.534; evalue=2.73e-18; confidence=low
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018547

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803245.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803245.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803245.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803245.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803245.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:23741157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr3:23741235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B71,B78,D11
Chr3:23741260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:23741333 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 21 A1,A4,B115,B13,B27,B28,B51,B63,B77,B8,B83,B85,B89,B99,C13,C26,C29,C3,C83,C85,C87
Chr3:23741349 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 50 A18,A20,A4,A9,B1,B10,B102,B113,B119,B12,B124,B133,B140,B17,B18,B25,B41,B42,B43,B55,B6,B61,B68,B70,B72,B73,B85,B90,B92,B95,B98,C10,C14,C22,C25,C27,C4,C47,C48,C51,C54,C56,C62,C65,C67,C70,C74,C86,D1,D8
Chr3:23741353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B2,B71,B78,D11
Chr3:23741397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947262.1
ATGGAGATCGAGGACAAGAATAAGCTTCTGGAGAGTCACGAGAAGTCCGGCGACTGCGATCCGAGGAAGAAAATGAAGTCGGCGTGCCCCGTGCGGCGCTGCAAAGAGGTTCTGACGTTCTCCAACACTGCGACGTGCAAGACTTGTCGAGTTAAAATCTGCTTGAAGTATAGGTTTTCGGCCGATCACGCCTGCAACCAGCTGAGATCGTCATCAGCATCTTCTAACAAGCTTTTGGCTGCGATGACGGGGAAAGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018547
ATGGAGATCGAGGACAAGAATAAGCTTCTGGAGAGTCACGAGAAGTCCGGCGACTGCGATCCGAGGAAGAAAATGAAGTCGGCGTGCCCCGTGCGGCGCTGCAAAGAGGTTCTGACGTTCTCCAACACTGCGACGTGCAAGACTTGTCGAGTTAAAATCTGCTTGAAGTATAGGTTTTCGGCCGATCACGCCTGCAACCAGCTGAGATCGTCATCAGCATCTTCTAACAAGCTTTTGGCTGCGATGACGGGGAAAGATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803245.1
MEIEDKNKLLESHEKSGDCDPRKKMKSACPVRRCKEVLTFSNTATCKTCRVKICLKYRFSADHACNQLRSSSASSNKLLAAMTGKDCENKTSICSSQLSVKAY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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