Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001755

染色体: Chr03 坐标: 23851937-23852533 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001755
名称SmilChr03G001755
描述uncharacterized SmilChr03G001755
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向23851937 - 23852533 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018548
GeneID131018548
locus_tag-
NCBI NameLOC131018548
原始查询SmilChr03G001755

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs04g0191000
-
identity=26.8; qcov=0.982; evalue=2.01e-13; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018548

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803246.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057803246.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803246.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803246.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803246.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:23851949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B117,B34,C14,C86
Chr3:23851951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C42
Chr3:23851960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B41,C18
Chr3:23851963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C21
Chr3:23851979 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 19 A7,B115,B117,B122,B123,B129,B137,B18,B20,B31,B51,B54,B56,B59,B77,B85,B88,B90,C84
Chr3:23851980 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 44 A11,A22,B113,B118,B119,B131,B133,B135,B17,B2,B35,B5,B52,B67,B79,B80,B83,B84,B87,B94,C11,C16,C18,C2,C21,C25,C3,C30,C37,C5,C52,C54,C58,C59,C60,C62,C63,C69,C7,C76,C79,C86,C9,D8
Chr3:23851983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B105
Chr3:23851998 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 19 A15,B10,B140,B16,B25,B72,B8,B80,B93,C21,C3,C34,C68,C72,C73,C76,C9,D2,D9
Chr3:23852013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B80,C17
Chr3:23852016 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B107,B68,D1
Chr3:23852016 G GA 1bp_insertion CDS_variant 3 B107,B68,D1
Chr3:23852042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947263.1
ATGCCCATGATGCCCATTATGCCCGTGGAGATATTCGACATTTGGGGGATGGACTTCATGGGACCCCTTCCCAGTTCGAGAGGAAACTTGTACATCCTACTTTTGGTGGATTATGTCTCCAAAGCAATCATCAGCGACCAAGGATCCCATTTCTGCAATTTCTCGGTTGAGAACCTGTTCAAAAAATACGGTGTCCAACATCGGGTCTCAACAGCCTACCACCCACAAGCCAATGGACAGGCAGAACTATCAAATCGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018548
ATGCCCATGATGCCCATTATGCCCGTGGAGATATTCGACATTTGGGGGATGGACTTCATGGGACCCCTTCCCAGTTCGAGAGGAAACTTGTACATCCTACTTTTGGTGGATTATGTCTCCAAAGCAATCATCAGCGACCAAGGATCCCATTTCTGCAATTTCTCGGTTGAGAACCTGTTCAAAAAATACGGTGTCCAACATCGGGTCTCAACAGCCTACCACCCACAAGCCAATGGACAGGCAGAACTATCAAATCGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803246.1
MPMMPIMPVEIFDIWGMDFMGPLPSSRGNLYILLLVDYVSKAIISDQGSHFCNFSVENLFKKYGVQHRVSTAYHPQANGQAELSNRIIKTILRKTVGPTGKDWSLKLEDALWAYRTAYKTPFGMSPYRMVYGKKCHLPVELEHKAFWAVNKVNHDWNKAGQARRLEI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器