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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001759

染色体: Chr03 坐标: 23944449-23945429 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001759
名称SmilChr03G001759
描述sugar transporter ERD6-like 7
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向23944449 - 23945429 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015676
GeneID131015676
locus_tag-
NCBI NameLOC131015676
原始查询SmilChr03G001759

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sugar transporter ERD6-like 7
产物sugar transporter ERD6-like 7
ArabidopsisAT2G48020 (AT2G48020)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819414]
identity=52.2; qcov=1.03; evalue=7.59e-21; confidence=medium
RiceOs11g0643800
-
identity=44.4; qcov=1.03; evalue=4.72e-16; confidence=low
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057800084.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800084.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800084.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800084.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800084.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:23944948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr3:23944959 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C73
Chr3:23944959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr3:23944973 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr3:23944982 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 14 A22,B107,B11,B12,B123,B55,B68,B86,B91,B94,C15,C30,C33,C85
Chr3:23945106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr3:23945398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C15
Chr3:23945399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800084.1
87 aa
N
1
44
87
Sugar_tr
C
PF00083 Sugar_tr 22-57 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800084.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 22 57 1.4e-05 24.9 Sugar (and other) transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944101.1
GCAATGATAGTATCAAGTGGATTCTGTGCAGCAGGATGGCTTTTGATTTACTTTGCAGAGGTTTTGGTATTCATAGCTGAAATCGCCACCAAGGATTTAAGAGGAGCTTTGACAACCATAAATCAGCTTATAATTTGTACTGGAGTATCTGTATCATTCATCCTAGGCACATTGCTGATATGGAGGGCTCTAGCATTAGTAGGACTTGCTAACTGGTGGTACGGACCCCATTGTGAAATCGAGGTTTGCAAAAAAGTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015676
ATGATAGTATCAAGTGGATTCTGTGCAGCAGGATGGCTTTTGATTTACTTTGCAGAGGTTTTGGTATTCATAGCTGAAATCGCCACCAAGGATTTAAGAGGAGCTTTGACAACCATAAATCAGCTTATAATTTGTACTGGAGTATCTGTATCATTCATCCTAGGCACATTGCTGATATGGAGGGCTCTAGCATTAGTAGGACTTGCTAACTGGTGGTACGGACCCCATTGTGAAATCGAGGTTTGCAAAAAAGTTGCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800084.1
MIVSSGFCAAGWLLIYFAEVLVFIAEIATKDLRGALTTINQLIICTGVSVSFILGTLLIWRALALVGLANWWYGPHCEIEVCKKVAG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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