当前解析结果
SmilChr03G001759| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001759 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001759 |
| 描述 | sugar transporter ERD6-like 7 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 23944449 - 23945429 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131015676 |
|---|---|
| GeneID | 131015676 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015676 |
| 原始查询 | SmilChr03G001759 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sugar transporter ERD6-like 7 |
| 产物 | sugar transporter ERD6-like 7 |
| Arabidopsis | AT2G48020 (AT2G48020)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819414] identity=52.2; qcov=1.03; evalue=7.59e-21; confidence=medium |
| Rice | Os11g0643800- identity=44.4; qcov=1.03; evalue=4.72e-16; confidence=low |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00083 (Sugar_tr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015676 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057800084.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057800084.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800084.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800084.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057800084.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:23944948 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr3:23944959 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C73 |
Chr3:23944959 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr3:23944973 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr3:23944982 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 14 | A22,B107,B11,B12,B123,B55,B68,B86,B91,B94,C15,C30,C33,C85 |
Chr3:23945106 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr3:23945398 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B55,C15 |
Chr3:23945399 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800084.1PF00083
Sugar_tr 22-57 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800084.1 |
Pfam | PF00083 |
Sugar_tr | Family | 22 | 57 | 1.4e-05 | 24.9 | Sugar (and other) transporter |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。