当前解析结果
SmilChr03G001762| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001762 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001762 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G001762 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 24030440 - 24032840 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018551 |
|---|---|
| GeneID | 131018551 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018551 |
| 原始查询 | SmilChr03G001762 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00860- identity=26.7; qcov=0.195; evalue=5.23e-12; confidence=weak |
| Rice | Os08g0202300- identity=31.4; qcov=0.493; evalue=9.59e-61; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018551 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057803248.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057803248.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057803248.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803248.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803248.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:24030458 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C13,C27 |
Chr3:24030472 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr3:24030526 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,B136,B51,C29,C30 |
Chr3:24030634 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B60,B68,C29 |
Chr3:24030673 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B71,C74 |
Chr3:24030696 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B25,B88 |
Chr3:24030710 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
Chr3:24030720 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr3:24030736 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr3:24030752 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C41 |
Chr3:24030752 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C41 |
Chr3:24030772 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803248.1PF00078
RVT_1 273-432 aa
PF17919
RT_RNaseH_2 495-593 aa
PF17917
RT_RNaseH 522-596 aa
PF13456
RVT_3 628-746 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803248.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 273 | 432 | 1.7e-29 | 103.8 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057803248.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 495 | 593 | 6.6e-21 | 75.0 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057803248.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 522 | 596 | 2.8e-12 | 47.4 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057803248.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 628 | 746 | 3.8e-16 | 59.8 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。