当前解析结果
SmilChr03G001780| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001780 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001780 |
| 描述 | dynamin-related protein 4C-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 24309724 - 24311282 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131015687 |
|---|---|
| GeneID | 131015687 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015687 |
| 原始查询 | SmilChr03G001780 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dynamin-related protein 4C-like |
| 产物 | dynamin-related protein 4C-like |
| Arabidopsis | AT1G60500 (DRP4C)Dynamin related protein 4C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842345] identity=53.6; qcov=0.956; evalue=4.25e-134; confidence=high |
| Rice | Os04g0129900- identity=55.3; qcov=0.926; evalue=5.46e-135; confidence=high |
| GO | GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00350 (Dynamin_N); PF01031 (Dynamin_M) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015687 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057800088.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057800088.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057800088.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057800088.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800088.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:24310128 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:24310153 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr3:24310156 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D10 |
Chr3:24310156 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr3:24310189 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr3:24310192 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:24310380 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,B83,C5 |
Chr3:24310509 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A1,B24 |
Chr3:24310521 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A1,B24 |
Chr3:24310539 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr3:24310607 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr3:24310618 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800088.1PF00350
Dynamin_N 79-193 aa
PF01031
Dynamin_M 201-354 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800088.1 |
Pfam | PF00350 |
Dynamin_N | Domain | 79 | 193 | 4.9e-21 | 76.2 | Dynamin family |
XP_057800088.1 |
Pfam | PF01031 |
Dynamin_M | Family | 201 | 354 | 2.5e-29 | 103.1 | Dynamin central region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。