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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001801

染色体: Chr03 坐标: 24613175-24614510 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001801
名称SmilChr03G001801
描述uncharacterized SmilChr03G001801
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向24613175 - 24614510 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015707
GeneID131015707
locus_tag-
NCBI NameLOC131015707
原始查询SmilChr03G001801

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015707

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800113.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057800113.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057800113.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800113.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800113.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:24613441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,D3
Chr3:24613443 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B19
Chr3:24613443 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B19
Chr3:24613451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B21,C12,C28,C62
Chr3:24613452 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 34 A10,A6,B108,B110,B120,B123,B130,B136,B20,B34,B39,B4,B47,B57,B58,B73,B74,B8,B80,B86,B87,C10,C11,C16,C21,C23,C44,C50,C53,C58,C67,C78,D10,D3
Chr3:24613490 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B9,C26
Chr3:24613490 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 B9,C26
Chr3:24613644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B39,C14,C7
Chr3:24613656 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B129,B140,B92
Chr3:24613656 C CT 1bp_insertion CDS_variant 3 B129,B140,B92
Chr3:24613672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B105
Chr3:24613708 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944130.1
AATGTTAGATGATGTTGATACACCTGAGAATTTTGATGATGCACATTTGGATATGCCTCTATCAGATGAATTTGTGGAGAGAGCAACTGATTGCAAACTTGTTGAAGATTCTCATATGGAGTCATGTCTACCTTTGGCAGCAAAGAAGGCGAAGAAAATGAAGTCTAATATCTTAAAAGACAAGATACAAAGCATATCTGATTCATCCCACCAACTTAGCGAAGTGGTTATTGAGCATAATAAAGGCAAAAGAGTCCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015707
ATGTTAGATGATGTTGATACACCTGAGAATTTTGATGATGCACATTTGGATATGCCTCTATCAGATGAATTTGTGGAGAGAGCAACTGATTGCAAACTTGTTGAAGATTCTCATATGGAGTCATGTCTACCTTTGGCAGCAAAGAAGGCGAAGAAAATGAAGTCTAATATCTTAAAAGACAAGATACAAAGCATATCTGATTCATCCCACCAACTTAGCGAAGTGGTTATTGAGCATAATAAAGGCAAAAGAGTCCCACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800113.1
MLDDVDTPENFDDAHLDMPLSDEFVERATDCKLVEDSHMESCLPLAAKKAKKMKSNILKDKIQSISDSSHQLSEVVIEHNKGKRVPQTPTLKSRSGRTIKRRILD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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