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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001809

染色体: Chr03 坐标: 24693455-24700827 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001809
名称SmilChr03G001809
描述uncharacterized SmilChr03G001809
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向24693455 - 24700827 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015702
GeneID131015702
locus_tag-
NCBI NameLOC131015702
原始查询SmilChr03G001809

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826760]; symbol=AT4G11560; hit=AT4G11560; species=arabidopsis; confidence=high
产物bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826760]; symbol=AT4G11560; hit=AT4G11560; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G11560 (AT4G11560)
bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826760]
identity=55.7; qcov=0.888; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0527400
-
identity=52.8; qcov=0.943; evalue=3.97e-176; confidence=high
GOGO:0003682 (chromatin binding); GO:0006351 (DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF01426 (BAH); PF07500 (TFIIS_M)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015702

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800102.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057800104.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800103.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800103.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800103.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:24693736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,D4
Chr3:24693864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr3:24693914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr3:24696406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B140,C19
Chr3:24696435 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A11,B33
Chr3:24696435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B33
Chr3:24696505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,B33
Chr3:24696512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,B33
Chr3:24696550 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 4 A11,A22,B33,C48
Chr3:24696550 AGT A 2bp_deletion CDS_variant 4 A11,A22,B33,C48
Chr3:24696557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A22,B33,C48
Chr3:24696560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A22,B33,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800102.1
575 aa
N
1
288
575
BAH
TFIIS_M
C
PF01426 BAH 85-204 aa PF07500 TFIIS_M 302-445 aa
XP_057800103.1
567 aa
N
1
284
567
BAH
TFIIS_M
C
PF01426 BAH 85-204 aa PF07500 TFIIS_M 301-437 aa
XP_057800104.1
554 aa
N
1
277
554
BAH
TFIIS_M
C
PF01426 BAH 97-183 aa PF07500 TFIIS_M 281-424 aa
XP_057800105.1
546 aa
N
1
273
546
BAH
TFIIS_M
C
PF01426 BAH 97-183 aa PF07500 TFIIS_M 280-416 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800102.1 Pfam PF01426 BAH Domain 85 204 5.3e-22 78.7 BAH domain
XP_057800102.1 Pfam PF07500 TFIIS_M Domain 302 445 6.6e-14 53.0 Transcription factor S-II (TFIIS), central domain
XP_057800103.1 Pfam PF01426 BAH Domain 85 204 5.2e-22 78.7 BAH domain
XP_057800103.1 Pfam PF07500 TFIIS_M Domain 301 437 1.7e-14 54.9 Transcription factor S-II (TFIIS), central domain
XP_057800104.1 Pfam PF01426 BAH Domain 97 183 4.6e-15 56.3 BAH domain
XP_057800104.1 Pfam PF07500 TFIIS_M Domain 281 424 7.4e-14 52.8 Transcription factor S-II (TFIIS), central domain
XP_057800105.1 Pfam PF01426 BAH Domain 97 183 4.6e-15 56.3 BAH domain
XP_057800105.1 Pfam PF07500 TFIIS_M Domain 280 416 1.6e-14 55.0 Transcription factor S-II (TFIIS), central domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944122.1
AAACTCCACCCACCGAAGAACCAAAACAAGCAGAAATTGAAGTCCAACCTGATCTTCAGAGAACACTTGTTCAATATTCCCCAACTCAAGCCGAAACTGGTGCAACTACTTCTATCTTGACTGAAGAACCTCCACTATGACCAGAAGAATTCAGAAAGTACAAAAGATGGTTCGAGAGTCACTCTGAGGACAACATTATTGGAGAACCATCTGATCGTGTGAAGACTAAGAGATCAGTGTGCAACCTCGTCTATGATATC...
XM_057944121.1
AAACTCCACCCACCGAAGAACCAAAACAAGCAGAAATTGAAGTCCAACCTGATCTTCAGAGAACACTTGTTCAATATTCCCCAACTCAAGCCGAAACTGGTGCAACTACTTCTATCTTGACTGAAGAACCTCCACTATGACCAGAAGAATTCAGAAAGTACAAAAGATGGTTCGAGAGTCACTCTGAGGACAACATTATTGGAGAACCATCTGATCGTGTGAAGACTAAGAGATCAGTGTGCAACCTCGTCTATGATATC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131015702
ATGAGGAATCGACGGCAGGTGGCTACCAGCGACGACGAGGACGACGCACTAATGCCGCCGCCTCGTCGCAACTCAACTGCCGATGTAAGGAAGCGCAAAAAGGTTCACCTCCCCTCTGACGAGGAGGCCGAGTCCTCGAGTGACAACGAGGAGCAGGAGGATTTGGAGGCGCAGCCGGTGGGAGAGCCGATTAGGTTTTCCGGTAAAGGGAGAGGGAAACGTAGCCATTTTGAGTCGTTCGAGTACGACGGAATTCAGTA...
LOC131015702
ATGAGGAATCGACGGCAGGTGGCTACCAGCGACGACGAGGACGACGCACTAATGCCGCCGCCTCGTCGCAACTCAACTGCCGATGTAAGGAAGCGCAAAAAGGTTCACCTCCCCTCTGACGAGGAGGCCGAGTCCTCGAGTGACAACGAGGAGCAGGAGGATTTGGAGGCGCAGCCGGTGGGAGAGCCGATTAGGTTTTCCGGTAAAGGGAGAGGGAAACGTAGCCATTTTGAGTCGTTCGAGTACGACGGAATTCAGTA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057800102.1
MRNRRQVATSDDEDDALMPPPRRNSTADVRKRKKVHLPSDEEAESSSDNEEQEDLEAQPVGEPIRFSGKGRGKRSHFESFEYDGIQYQLEDPVLLVPEKGNQKPYVAIIKDIAQKQEGRSMMVTGQWFYRPEEAEKKTGGNWQSQDTRELFYSFHRDEVPAESVMHKCVVHFIPRNKRIPDRKEHPGFIVQKVYDTDQRKLFKLTDKDYEDNKQYEIDLLVQKTYARLGDLPDIEPEDANMDQEDQTKNKRLLRKKNVSP...
XP_057800103.1
MRNRRQVATSDDEDDALMPPPRRNSTADVRKRKKVHLPSDEEAESSSDNEEQEDLEAQPVGEPIRFSGKGRGKRSHFESFEYDGIQYQLEDPVLLVPEKGNQKPYVAIIKDIAQKQEGRSMMVTGQWFYRPEEAEKKTGGNWQSQDTRELFYSFHRDEVPAESVMHKCVVHFIPRNKRIPDRKEHPGFIVQKVYDTDQRKLFKLTDKDYEDNKQYEIDLLVQKTYARLGDLPDIEPEDANMDQEDQTKNKRLLRKKNVSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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