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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001824

染色体: Chr03 坐标: 24984463-24988402 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001824
名称SmilChr03G001824
描述AT-hook motif nuclear-localized protein 9-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向24984463 - 24988402 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015816
GeneID131015816
locus_tag-
NCBI NameLOC131015816
原始查询SmilChr03G001824

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AT-hook motif nuclear-localized protein 9-like
产物AT-hook motif nuclear-localized protein 9-like
ArabidopsisAT1G63470 (AT1G63470)
AT hook motif DNA-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842653]
identity=43.5; qcov=1.06; evalue=4.82e-82; confidence=medium
RiceOs02g0824300
-
identity=46.6; qcov=0.752; evalue=3.73e-67; confidence=high
GOGO:0003680 (minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding)
KEGG-
PfamPF03479 (PCC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015816

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800219.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800219.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800219.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800219.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800219.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:24985228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B17,B73,B76,C54
Chr3:24985323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C43
Chr3:24985325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr3:24985375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B98,D11
Chr3:24985444 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 37 A15,A21,A3,A4,B100,B101,B108,B11,B119,B123,B126,B131,B135,B19,B21,B23,B24,B31,B33,B36,B58,B7,B8,B80,B83,B89,B93,B94,B99,C18,C21,C31,C36,C42,C58,C59,C85
Chr3:24985445 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 35 A15,A21,A4,B100,B101,B108,B11,B119,B123,B126,B131,B135,B19,B21,B23,B24,B31,B33,B36,B58,B7,B8,B80,B83,B89,B93,B94,B99,C18,C21,C31,C36,C58,C59,C85
Chr3:24985470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B78,C33,C60
Chr3:24985512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,B73,C47,C78
Chr3:24985535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr3:24985572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr3:24987553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800219.1
371 aa
N
1
186
371
PCC
C
PF03479 PCC 182-301 aa
XP_057800220.1
371 aa
N
1
186
371
PCC
C
PF03479 PCC 182-301 aa
XP_057800221.1
371 aa
N
1
186
371
PCC
C
PF03479 PCC 182-301 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800219.1 Pfam PF03479 PCC Domain 182 301 1.7e-33 115.9 Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain
XP_057800220.1 Pfam PF03479 PCC Domain 182 301 1.7e-33 115.9 Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain
XP_057800221.1 Pfam PF03479 PCC Domain 182 301 1.7e-33 115.9 Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944236.1
GGACATCTTGGTACTTAGGTGCACCCAACTGTACTCCAATGGTTTCCTGAGTCTCAACCCCCTTCAAACCCCAATGATTTTCTTTTTCTTTTTTTCTATATATCCTTTTCTTGAATTATAGACAAGGAAAAAAGGGTGAGAGTCATAGTCCCTTTAATTCAAAAGCTCTAAATTTTCTATTCATGCTCACTTTTGTCTTTACCCTCCCTCCTCTTTCCCAAAACTTCTCTGCCCCTCTCTCTCCTTCTCTCTCTCTCTCT...
XM_057944237.1
GGACATCTTGGTACTTAGGTGCACCCAACTGTACTCCAATGGTTTCCTGAGTCTCAACCCCCTTCAAACCCCAATGATTTTCTTTTTCTTTTTTTCTATATATCCTTTTCTTGAATTATAGACAAGGAAAAAAGGGTGAGAGTCATAGTCCCTTTAATTCAAAAGCTCTAAATTTTCTATTCATGCTCACTTTTGTCTTTACCCTCCCTCCTCTTTCCCAAAACTTCTCTGCCCCTCTCTCTCCTTCTCTCTCTCTCTCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131015816
ATGGATGGGAGAGAAGCCATGGCATTACAAGGGTCAGCATCATACTACCTTCATAGAGGGGGAATTGGTGGATCTGGTGGTTCAGGGCCTGGCCATACTGTTCATGGCGGTGGCGGGGGCGGGGGTGGCTCCGCTGCTGCTCAGCCAGGTGTAATACACTCCTCCCCTGCTTTCAAGAATCTTGCAAATACCAGCGTTCATGTGCAGCAGCAAAATGCAGGGGGTGGGGGTGGTGGTGGTGCTGCTGCTGCTGCGAGCAG...
LOC131015816
ATGGATGGGAGAGAAGCCATGGCATTACAAGGGTCAGCATCATACTACCTTCATAGAGGGGGAATTGGTGGATCTGGTGGTTCAGGGCCTGGCCATACTGTTCATGGCGGTGGCGGGGGCGGGGGTGGCTCCGCTGCTGCTCAGCCAGGTGTAATACACTCCTCCCCTGCTTTCAAGAATCTTGCAAATACCAGCGTTCATGTGCAGCAGCAAAATGCAGGGGGTGGGGGTGGTGGTGGTGCTGCTGCTGCTGCGAGCAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057800219.1
MDGREAMALQGSASYYLHRGGIGGSGGSGPGHTVHGGGGGGGGSAAAQPGVIHSSPAFKNLANTSVHVQQQNAGGGGGGGAAAAASSSSFHVENPSQHFSHGRSITVALPGGEPVQKKKRGRPRKYAPDGANMGLGLSPMSAPKPSSALVVSPGEKARRGRPPGTGWKQKLAPLGEWMNNSAGLAFTPHVLHVGAGEDVAAKILAFAQQRPRALCIMSANGSVSAVTLRQPTTSNSTVTYEGRFEILCLSGSYLVAENGG...
XP_057800220.1
MDGREAMALQGSASYYLHRGGIGGSGGSGPGHTVHGGGGGGGGSAAAQPGVIHSSPAFKNLANTSVHVQQQNAGGGGGGGAAAAASSSSFHVENPSQHFSHGRSITVALPGGEPVQKKKRGRPRKYAPDGANMGLGLSPMSAPKPSSALVVSPGEKARRGRPPGTGWKQKLAPLGEWMNNSAGLAFTPHVLHVGAGEDVAAKILAFAQQRPRALCIMSANGSVSAVTLRQPTTSNSTVTYEGRFEILCLSGSYLVAENGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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