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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001835

染色体: Chr03 坐标: 25179806-25180939 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001835
名称SmilChr03G001835
描述uncharacterized SmilChr03G001835
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向25179806 - 25180939 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018576
GeneID131018576
locus_tag-
NCBI NameLOC131018576
原始查询SmilChr03G001835

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018576

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803273.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803273.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803273.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803273.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803273.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:25180026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr3:25180047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B114,C54,C82
Chr3:25180086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B110
Chr3:25180114 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B74,C73
Chr3:25180114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C73
Chr3:25180126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B30,C45,C75
Chr3:25180131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B71,C69
Chr3:25180150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B58,C79,D2
Chr3:25180160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C77
Chr3:25180173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C37,C74
Chr3:25180177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B64,C24,C44
Chr3:25180189 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A15,B24,B67,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947290.1
ATGTGGGAACAGAAAGCCAGCAAGAGGTACAGTGACATGATGAGTGACTACAAGAGGAATCTCAAGGCTAGTACCGATGAAGGTCGGGAGATAGATAGACCACTCTGGATGTCTGCCGAATTCTGGACAGAACTCCAGGCATACTGGAGTCAGGAGGCTGTTCAGGCCGTTTCCCAGCGAGCACGTGCGATCCGGATGTCTGAGCCCGATGGACCCGGTACAGGGATCAATAGGCACAGCTTGGAGATTAGACTCCCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018576
ATGTGGGAACAGAAAGCCAGCAAGAGGTACAGTGACATGATGAGTGACTACAAGAGGAATCTCAAGGCTAGTACCGATGAAGGTCGGGAGATAGATAGACCACTCTGGATGTCTGCCGAATTCTGGACAGAACTCCAGGCATACTGGAGTCAGGAGGCTGTTCAGGCCGTTTCCCAGCGAGCACGTGCGATCCGGATGTCTGAGCCCGATGGACCCGGTACAGGGATCAATAGGCACAGCTTGGAGATTAGACTCCCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803273.1
MWEQKASKRYSDMMSDYKRNLKASTDEGREIDRPLWMSAEFWTELQAYWSQEAVQAVSQRARAIRMSEPDGPGTGINRHSLEIRLPPAAQNYSTFLRLRMREDGTFLSPRDERLDVEIRRIAVETGREDRLPEIYLEVVRPDRSRLYGTGSAGRSQVSRGSSQSTDTSMMSQQLYETRISTLEERLQAEQAAREAEREASRAEREALEQRMAQFEEFMRWSRQLP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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