当前解析结果
SmilChr03G001836| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001836 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001836 |
| 描述 | zinc transporter ZTP29 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 25188485 - 25196614 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013910 |
|---|---|
| GeneID | 131013910 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013910 |
| 原始查询 | SmilChr03G001836 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | zinc transporter ZTP29 |
| 产物 | zinc transporter ZTP29 |
| Arabidopsis | AT3G20870 (AT3G20870)ZIP metal ion transporter family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821636] identity=79.6; qcov=0.99; evalue=3.44e-162; confidence=high |
| Rice | Os02g0196000- identity=82; qcov=0.99; evalue=1.17e-167; confidence=high |
| GO | GO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071577 (zinc ion transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02535 (Zip) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013910 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.80000 | XP_057797816.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057797816.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057797816.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057797816.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797816.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:25189363 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr3:25189749 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | C58,C85 |
Chr3:25189749 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C58,C85 |
Chr3:25193557 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B33,C82 |
Chr3:25195083 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr3:25195233 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 178 | A1,A11,A15,A19,A2,A20,A21,A22,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B139,B140,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B23,B24,B28,B29,B30,B31,B33,B36,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B45,B47,B49,B5,B50,B54,B55,B57,B58,B59,B61,B65,B66,B67,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B95,B97,B98,B99,C11,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C25,C26,C27,C28,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C39,C4,C42,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C53,C55,C56,C57,C59,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C72,C73,C74,C76,C78,C82,C83,C87,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D6,D7,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797816.1PF02535
Zip 117-272 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797816.1 |
Pfam | PF02535 |
Zip | Family | 117 | 272 | 7.6e-26 | 91.8 | ZIP Zinc transporter |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。