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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001840

染色体: Chr03 坐标: 25235280-25235774 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001840
名称SmilChr03G001840
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00310-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向25235280 - 25235774 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018577
GeneID131018577
locus_tag-
NCBI NameLOC131018577
原始查询SmilChr03G001840

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=ATMG00310; species=arabidopsis; confidence=medium
产物hit=ATMG00310; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisATMG00310
-
identity=43.2; qcov=0.848; evalue=8.1e-37; confidence=medium
RiceOs06g0484800
-
identity=26; qcov=0.774; evalue=2.45e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018577

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803274.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057803274.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057803274.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803274.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803274.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:25235300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr3:25235319 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B140
Chr3:25235319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:25235327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B25,B88
Chr3:25235356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C9,D7
Chr3:25235401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:25235414 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 8 A10,B112,B29,B91,C39,C46,C52,C79
Chr3:25235438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:25235463 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B122,B126,B13,B139,B59,B80,B87,B98,C72
Chr3:25235473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,C3
Chr3:25235485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:25235508 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947291.1
ATGAGCTGCTTCGCCATCCCTGATCAGATTTGCCAGAGACTTAATAGTGTGGCTGCAAGGTTTTTCTGGGGTCAAAAGAATGAAGAAAGGAGAATTCACTGGAAAAGCTGGAGAAAGCTTTGTATCCCGAAGAAGGATAGGGGAATGGGTTTCAGAGACCTAAGCTTGTTTAATCAAGCAATGTTGGCAAAGCAAGCGTGTCGGATCCTCCAGAATGGTACCACTCTTTTAGCTCGCTCCCTTAAAGCTAGATATTTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018577
ATGAGCTGCTTCGCCATCCCTGATCAGATTTGCCAGAGACTTAATAGTGTGGCTGCAAGGTTTTTCTGGGGTCAAAAGAATGAAGAAAGGAGAATTCACTGGAAAAGCTGGAGAAAGCTTTGTATCCCGAAGAAGGATAGGGGAATGGGTTTCAGAGACCTAAGCTTGTTTAATCAAGCAATGTTGGCAAAGCAAGCGTGTCGGATCCTCCAGAATGGTACCACTCTTTTAGCTCGCTCCCTTAAAGCTAGATATTTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803274.1
MSCFAIPDQICQRLNSVAARFFWGQKNEERRIHWKSWRKLCIPKKDRGMGFRDLSLFNQAMLAKQACRILQNGTTLLARSLKARYFPRSDILLASKAHNPSFVWKSLLVGRDLLLEGLAWRVGDRTRIRIGRDAWLPDGRENFRPARVNEQWADLKVVDLLLDN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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