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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001848

染色体: Chr03 坐标: 25414179-25415719 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001848
名称SmilChr03G001848
描述uncharacterized SmilChr03G001848
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向25414179 - 25415719 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018580
GeneID131018580
locus_tag-
NCBI NameLOC131018580
原始查询SmilChr03G001848

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018580

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803276.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057803276.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057803276.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057803276.1
5 P-body P-body 0.20000 XP_057803276.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:25414740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C21
Chr3:25414769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B53
Chr3:25414807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B65,C23,C34,C83
Chr3:25415069 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B90,C29,C48
Chr3:25415090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:25415154 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr3:25415384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr3:25415478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B92,C41,C44,C87
Chr3:25415502 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 6 B138,B92,C41,C44,C87,D9
Chr3:25415716 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,B78,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947293.1
ATGGGAGGAAACATAGCTCGGAAGACAGCGGCAGACCTGAAAGAGATCTTCAAGACATTGGCCGAAAGCTCCCAACAGAAATCTGTCCGTGGAAGAAGAGTTGATGCCAGCGCGGTGACAAATCAGTTTGAGCTGCAGAAGCAAGTAGCCGATCTTGTGAGACAAGTGGAGCATCTCAAGATGGGCAAGATGGAAAATTCTCCAGTTCAGAGTTCAACCTCGCCGAATCCAGCCATGCAGTACGTAGAGCCGTGTGGTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018580
ATGGGAGGAAACATAGCTCGGAAGACAGCGGCAGACCTGAAAGAGATCTTCAAGACATTGGCCGAAAGCTCCCAACAGAAATCTGTCCGTGGAAGAAGAGTTGATGCCAGCGCGGTGACAAATCAGTTTGAGCTGCAGAAGCAAGTAGCCGATCTTGTGAGACAAGTGGAGCATCTCAAGATGGGCAAGATGGAAAATTCTCCAGTTCAGAGTTCAACCTCGCCGAATCCAGCCATGCAGTACGTAGAGCCGTGTGGTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803276.1
MGGNIARKTAADLKEIFKTLAESSQQKSVRGRRVDASAVTNQFELQKQVADLVRQVEHLKMGKMENSPVQSSTSPNPAMQYVEPCGICGDSRPGFVQHYNQGQGYNQGQSYNQGQSRPQKYNQGQNVNNGWRGQQPCPPQQNFPQQYPPRYQQQGNFQPSQQHAQPQKSSLEDTLQAFMEISNGKLVDNQVEVPEPTRRPELIRPPVLTKPFTLSRSPALTSLAMPKSELPKSPLAKPVLPIPEMPKAPLAKLALPSPEM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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