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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001859

染色体: Chr03 坐标: 25665512-25673179 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001859
名称SmilChr03G001859
描述uncharacterized SmilChr03G001859
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向25665512 - 25673179 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013927
GeneID131013927
locus_tag-
NCBI NameLOC131013927
原始查询SmilChr03G001859

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lysine ketoglutarate reductase trans-splicing-like protein, putative (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827585]; symbol=AT4G18530; hit=AT4G18530; species=arabidopsis; confidence=high
产物lysine ketoglutarate reductase trans-splicing-like protein, putative (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827585]; symbol=AT4G18530; hit=AT4G18530; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G18530 (AT4G18530)
lysine ketoglutarate reductase trans-splicing-like protein, putative (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827585]
identity=62.6; qcov=1.04; evalue=2.95e-148; confidence=high
RiceOs01g0919600
-
identity=57.7; qcov=1.01; evalue=2.27e-130; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF05212 (DUF707)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013927

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057797838.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057797838.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797838.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797838.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797838.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:25667761 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B100
Chr3:25667761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:25667839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B137,B16,C19
Chr3:25668447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr3:25668609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr3:25668643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:25668685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:25670075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B68,B95,C62
Chr3:25670752 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B78
Chr3:25671044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B94,C45,D10
Chr3:25671458 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797838.1
376 aa
N
1
188
376
DUF707
C
PF05212 DUF707 68-365 aa
XP_057797839.1
364 aa
N
1
182
364
DUF707
C
PF05212 DUF707 68-353 aa
XP_057797840.1
357 aa
N
1
178
357
DUF707
C
PF05212 DUF707 68-349 aa
XP_057797841.1
332 aa
N
1
166
332
DUF707
C
PF05212 DUF707 68-326 aa
XP_057797842.1
332 aa
N
1
166
332
DUF707
C
PF05212 DUF707 68-326 aa
XP_057797843.1
307 aa
N
1
154
307
DUF707
C
PF05212 DUF707 2-296 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797838.1 Pfam PF05212 DUF707 Family 68 365 2.6e-140 467.6 Protein of unknown function (DUF707)
XP_057797839.1 Pfam PF05212 DUF707 Family 68 353 4.6e-136 453.6 Protein of unknown function (DUF707)
XP_057797840.1 Pfam PF05212 DUF707 Family 68 349 2.1e-133 444.9 Protein of unknown function (DUF707)
XP_057797841.1 Pfam PF05212 DUF707 Family 68 326 1.1e-131 439.2 Protein of unknown function (DUF707)
XP_057797842.1 Pfam PF05212 DUF707 Family 68 326 1.1e-131 439.2 Protein of unknown function (DUF707)
XP_057797843.1 Pfam PF05212 DUF707 Family 2 296 1e-139 465.6 Protein of unknown function (DUF707)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941855.1
ACACGTCCTAGCACGTGCATACGTTCGCCCGTGTATTTCGCCAACCAAAAACATAAACGTTCCCTTTCGTTAGCACTAAAGCAGCACCACCTTTGAACCAGCGCTACTGTACAAACTATACATGCTCCTGTATCTATAAACGCATATTCAGAGTTTCAAACCATTGACTGAAGCCAGCGGTGTTAATGGTGGGGTTCTCAGGAGTTTTGCGGGCGGCGCAAAATTAAGGAATTAAAAAAGATACCTTTATTGCCTTGTTT...
XM_057941856.1
GTTAGCACTAAAGCAGCACCACCTTTGAACCAGCGCTACTGTACAAACTATACATGCTCCTGTATCTATAAACGCATATTCAGAGTTTCAAACCATTGACTGAAGCCAGCGGTGTTAATGGTGGGGTTCTCAGGAGTTTTGCGGGCGGCGCAAAATTAAGGAATTAAAAAAGATACCTTTATTGCCTTGTTTCTGTTGGGTTTCTCTTTATTCGTTGCTTTTTCTGGAAGGACTGTTGGAAATCTTTAGTTCAAAAGTCC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131013927
ATGAAATCTTACTGTATACTTCCCTTATCAGATCCTAAAAGCAGATTGCTAAGCAGCCTTATCATAAGCATCTCTTTGGTTTGTGGTGTTTACTTCGTTAGAAGTGCATGGCTGAGGAAAGATTTTTTAAAGTTTTCACCTGTATTCGGGCTGAAGACAGCAGATCGAGATACAATCTCTCATGAATGCAAGGAAAATTGGCGACCCATGGGTACTGAATCTTTGCCAAAAGGAATTATTTCAACGTCTTCAAACATGGA...
LOC131013927
ATGAAATCTTACTGTATACTTCCCTTATCAGATCCTAAAAGCAGATTGCTAAGCAGCCTTATCATAAGCATCTCTTTGGTTTGTGGTGTTTACTTCGTTAGAAGTGCATGGCTGAGGAAAGATTTTTTAAAGTTTTCACCTGTATTCGGGCTGAAGACAGCAGATCGAGATACAATCTCTCATGAATGCAAGGAAAATTGGCGACCCATGGGTACTGAATCTTTGCCAAAAGGAATTATTTCAACGTCTTCAAACATGGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057797838.1
MKSYCILPLSDPKSRLLSSLIISISLVCGVYFVRSAWLRKDFLKFSPVFGLKTADRDTISHECKENWRPMGTESLPKGIISTSSNMEMHPLWGPVSENNKSHHPTGLLAIAVGIDQKGLVNQIVKKFLENDFVVMLFHYDGVVEKWNDLGWSDRVIHVSVVNQTKWWFAKRFLHPDIVDGYEYIFLWDEDLKLDNFHPGRYLSIVKEEALEISQPALDPGKSEVHHPITVRRQRSRCHRRYYKFKGGGRCDENSTAPPCV...
XP_057797839.1
MKSYCILPLSDPKSRLLSSLIISISLVCGVYFVRSAWLRKDFLKFSPVFGLKTADRDTISHECKENWRPMGTESLPKGIISTSSNMEMHPLWGPVSENNKSHHPTGLLAIAVGIDQKGLVNQIVKKFLENDFVVMLFHYDGVVEKWNDLGWSDRVIHVSVVNQTKWWFAKRFLHPDIVDGYEYIFLWDEDLKLDNFHPGRYLSIVKEEALEISQPALDPGKSEVHHPITVRRQRSRCHRRYYKFKGGGRCDENSTAPPCV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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