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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001864

染色体: Chr03 坐标: 25749931-25753784 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001864
名称SmilChr03G001864
描述glycosyltransferase BC10
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向25749931 - 25753784 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013932
GeneID131013932
locus_tag-
NCBI NameLOC131013932
原始查询SmilChr03G001864

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycosyltransferase BC10
产物glycosyltransferase BC10
ArabidopsisAT1G10280 (AT1G10280)
Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837567]
identity=59.9; qcov=0.988; evalue=3.4e-174; confidence=high
RiceOs08g0110400
-
identity=55.4; qcov=0.983; evalue=6.18e-160; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF02485 (Branch)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013932

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057797845.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057797845.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797845.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797845.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797845.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:25750054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B124,B49,B79
Chr3:25750149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr3:25750261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:25750328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C82
Chr3:25750470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B49
Chr3:25752521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:25752582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:25752761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr3:25752800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B47,B85,C33,C58,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797845.1
404 aa
N
1
202
404
Branch
C
PF02485 Branch 135-363 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797845.1 Pfam PF02485 Branch Family 135 363 5.3e-82 275.8 Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941862.1
TTTTTTGTGGAGATCATTTATTTGCATAACTTTGAAAGTTGGCGAAAATCCATTACTCATTCAATTGTTATCCTCAACCTCAACTACTTTAGCCTGACCACTAAACTTGAAAGCACACCACCGTTTCTCCCAACTTTAGAATTGCCGCCTTCATATTCTGATAATTTCCTCATTATTCTCGTTGATGATCACTGCCCAACAAAATCTAATATCCAAATTTCTCGTTGCTGCTGGATTGGTCCGAAACGCAATTTTGATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013932
ATGGTGCGGAATAGGGAGAAAGAAGAAGCAGAGTCTCGATTAATTCCTCCTGTTTCGATATCAGTTGCAGATTCATCGATTAGTCTAATAAAAGTTGTCTCCACTTTGATTATTTTTGTTTTGGGTATAGTTATAGGATTAGTTTCTAGCTTTCACCTCCATAGGTACTTCACTTTCGAGGGTGATCAGTTTAGTTTCAAGAGTATTTATTTTGAAACCCAGCAATTTAGCAGCCACGATAATCAGATGATGCTTGTAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797845.1
MVRNREKEEAESRLIPPVSISVADSSISLIKVVSTLIIFVLGIVIGLVSSFHLHRYFTFEGDQFSFKSIYFETQQFSSHDNQMMLVNGERVDCLRMERFTRQRNLMHQMTDKELFWRASLVPQKEEFPFRRVPRVAFMFLTRGPLPMLPLWERFFSGQDVEKYSIYVHALPGFELQVSNSSVFYRRQIPSQHVEWGSVSLVDAEKRLLANALLDFSNERFVLLSESCIPIYNFPTIYSYLMGSDHSFVESYDDPSRYGRG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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