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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001874

染色体: Chr03 坐标: 26004492-26007007 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001874
名称SmilChr03G001874
描述cyclin-dependent kinase inhibitor 3-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向26004492 - 26007007 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013940
GeneID131013940
locus_tag-
NCBI NameLOC131013940
原始查询SmilChr03G001874

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cyclin-dependent kinase inhibitor 3-like
产物cyclin-dependent kinase inhibitor 3-like
ArabidopsisAT5G48820 (ICK6)
inhibitor/interactor with cyclin-dependent kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834940]
identity=43.2; qcov=1.06; evalue=5.21e-47; confidence=medium
RiceOs03g0137800 (OsiICK5)
-
identity=39.9; qcov=1.07; evalue=6.24e-35; confidence=medium
GOGO:0004861 (cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045736 (negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity)
KEGG-
PfamPF02234 (CDI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013940

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797857.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057797857.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797857.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797857.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797857.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:26004703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B24,C24,C6
Chr3:26004757 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B24,C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797857.1
222 aa
N
1
111
222
CDI
C
PF02234 CDI 174-220 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797857.1 Pfam PF02234 CDI Family 174 220 5.3e-19 68.8 Cyclin-dependent kinase inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941874.1
TTCAACCCTAACTTTACAAAAGACCCCACCCTTCATTTTCTGTAAATCTTTCGTCCCCCCTCTGGCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCACACACAGACACATGAAATCATCCGTCGCTTCGTACCAAAATACTTTGTAACAGTATTATGGGGAAATACATGCGGAAGCCCAAGACGACGAGAGATATCGACGTCTCTCACTCACCCCTTGGCGTCCGTACCCGCGCCAGAACCCTAGCCCTGCAGCGCCTTAAATCCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013940
ATGGGGAAATACATGCGGAAGCCCAAGACGACGAGAGATATCGACGTCTCTCACTCACCCCTTGGCGTCCGTACCCGCGCCAGAACCCTAGCCCTGCAGCGCCTTAAATCCTCCGCCACCGTCGCCGCCGATTATCTCGAGCTTCGCTCCCGGCGGCTCCAGAAGCCACCGCTCCTCAAGAAGTACCTCCAGAATTCCCCCAAAATTCCTAAACAGGGCTTCGTTTGTACAGATACAGAAAACCCCCAAATCGGAGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797857.1
MGKYMRKPKTTRDIDVSHSPLGVRTRARTLALQRLKSSATVAADYLELRSRRLQKPPLLKKYLQNSPKIPKQGFVCTDTENPQIGGTNQGSPIEPAKEVGGCAEWLNGGSQIGDLEIEASFGENNLDTEPRERGTRESTPCSMIRAADSITAPGSSTKRISPDVSNRRAQNAHRNIPTAREMEEFFSHAEQPQERLFMEKYNFDIVNDVPLPGRYEWVRVMP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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